Il est né à Héraclée [1] dans le royaume du Pont [2]. Il se rendit à Athènes vers 365 et y fréquenta l’Académie, où il rencontrait Speusippe et Aristote. Speusippe mort, Xénocrate fut élu scolarque [3] de l’Académie en 339 av.jc. Il quitta alors l’Académie et fonda sa propre école dans sa patrie natale.
Il fut un disciple de Platon, mais son oeuvre relève tout autant de l’aristotélisme. Comme Cléarque de Soles, il fait partie des aristotéliciens [4] qui ne penchent pas vers le matérialisme mais vers un platonisme qui sépare l’âme du corps.
D’après Chalcidius, il exposa la thèse d’un système géocentrique où Vénus tourne autour du Soleil. Ce système, étendu à Mercure, est connu d’Asdrate d’Aphrodisias, Vitruve, Cicéron et Martianus Capella . Il semble anticiper le modèle que développera Tycho Brahé.
Par ailleurs, il aurait émis l’hypothèse de la rotation de la Terre autour d’elle-même, afin d’expliquer le mouvement apparent des étoiles au cours de la nuit. Copernic le revendique comme prédécesseur quant à cette hypothèse.