Il est né à Alexandrie, second fils d’Hermias et Aidésia. Élève de Proclos à Athènes, il devint professeur de philosophie à Alexandrie, comme son père, chaire qui revenait de l’école néoplatonicienne d’Athènes [1] jusqu’à Alexandrie en 438, à la mort de Syrianos.
Recteur, scolarque [2] de l’école néoplatonicienne d’Alexandrie [3], il enseigna à Alexandrie de 475 à 526.
Il relève donc de l’école néoplatonicienne d’Athènes comme élève, et de l’école néoplatonicienne d’Alexandrie comme maître. Il eut pour disciples tous les commentateurs d’Aristote du 6ème siècle, Jean Philopon , Asclépios de Tralles , Damascios le Diadoque, Olympiodore le Jeune , Simplicios de Cilicie .
Il laissa des commentaires sur les livres de l’Interprétation d’Aristote, et sur le “traité Isagoge” de Porphyre de Tyr, ainsi qu’un “livre Du Destin”.
Il fut aussi astronome et géomètre. On a aussi sous le nom d’Ammonios “une Vie d’Aristote”.
À partir de 517, Jean Philopon publia des Commentaires sur les œuvres d’Aristote où il est assez difficile de distinguer ce qui revient à Ammonios ou à Jean Philopon.