Il naît dans une famille aristocratique romaine. Son père est préfet du prétoire [1] et son frère préfet de la Ville. Diacre romain, il est désigné par le pape Boniface II comme son successeur en 530, mais la nomination est contestée par le clergé de Rome et finalement annulée peut-être sous la pression du roi gothique Athalaric. Boniface II doit convoquer un second synode, cette fois en présence du Sénat romain, et jeter dans le feu l’acte de nomination de Vigile.
Vigile est présent lors du concile qui se tient à Constantinople au printemps 536 pour confirmer la déposition du patriarche Anthime, accusé de monophysisme [2], au profit de Mennas , mais ne prend pas part aux travaux conciliaires. Il est alors décrit comme un proche de l’impératrice Théodora.
Agapet meurt le 23 avril 536. Silvère est élu pape sur l’insistance du roi ostrogoth [3] Théodat. Dans l’intervalle, Vigile a rejoint le général byzantin Bélisaire. Celui-ci conquiert Rome en décembre 536 et, en mars 537, accuse Silvère de trahison, le dépose et l’envoie en exil. Vigile devient alors pape.
Durant ces premières années, Vigile définit l’organisation des Églises de Gaule et travaille à renforcer leurs liens avec Rome. Il est interrogé par le roi franc Thibert 1er qui vient d’épouser la veuve de son frère.
Dans sa réponse à Césaire d’Arles il préconise une longue pénitence et une séparation du couple. En 543, il félicite Auxanius pour son élection à l’archevêché d’Arles en succession de Césaire et l’enjoint à se montrer loyal à la fois au roi franc et à l’empereur byzantin.
Il a un début de pontificat paisible, jusqu’à ce que l’empereur Justinien condamne en 544 les “Trois Chapitres”, collection de textes de tendance nestorienne [4].
Pour convaincre le pape de prendre parti, Justinien le fait emmener de force à Constantinople. Le pape fait néanmoins une longue halte en Sicile, d’où il dépêche 2 clercs pour administrer Rome à sa place, l’un sera massacré par les Goths [5] et l’autre aura les mains coupées. Vigile reprend son trajet à l’automne 546 ; les contacts qu’il a en chemin lui confirment l’opposition des évêques à l’édit de Justinien. Il parvient à Constantinople en janvier 547.
Reçu avec faste par Justinien, Vigile confirme néanmoins l’excommunication prononcée par son apocrisiaire Stephanus contre le patriarche de Constantinople Mennas, qui a approuvé l’édit impérial.
Sous la pression, Vigile appuie la condamnation impériale déclenche aussitôt l’ire des Églises non orientales.
Au printemps de 555, après un long séjour de 8 ans à Constantinople, Vigile est autorisé à retourner à Rome. Il meurt le 7 juin 555 en chemin, à Syracuse. Son corps est transporté à Rome et enterré dans la basilique de Sylvestre sur la Via Salaria.
Il est le seul pape du 6ème siècle à n’être pas enterré dans la basilique Saint-Pierre.