Dernier fils de l’empereur byzantin Manuel II et d’ Hélène Dragasès . Continuateur de la dynastie Paléologue à la mort de son frère Constantin XI, dernier empereur byzantin, mort sans descendant en 1453 lors de la prise de Constantinople, date à laquelle Mehmed II achève la conquête du Péloponnèse.
Après la victoire finale des Byzantins contre la principauté d’Achaïe [1] en 1430, il épouse la fille et héritière du dernier prince, Catherine Zaccaria.
En 1448, au décès de son frère aîné Jean VIII , il soutient ouvertement son frère Constantin, désigné comme successeur par l’empereur défunt, contre les ambitions de leur frère Démétrios Paléologue .
Le despotat est partagé entre les deux frères, Thomas régnant sur le nord-ouest de la presqu’île depuis Patras [2].
Après la chute de Constantinople, la Morée devient la seule portion de territoire grec demeurée aux mains des Byzantins mais n’est pas en état de tenir le rôle qu’avait tenu Nicée [3] après 1204.
L’invasion turque de 1452 avait produit un choc dans la population, décidée à se débarrasser des deux co-despotes Paléologue, Thomas et Démétrios. Une insurrection éclata, menée par Manuel Cantacuzène .
En octobre 1454, Umur Pacha fut envoyé en Grèce pour y rétablir l’ordre et obligea Manuel Cantacuzène à s’exiler. Thomas et Démétrios assumèrent ensemble le despotat de Morée mais ne cessèrent de se quereller. Thomas souhaitait en effet faire appel au pape pour reprendre Constantinople aux Turcs.
Cette querelle eut pour conséquence d’engendrer l’anarchie dans la partie du despotat demeurée sous leur autorité. Les grands propriétaires devinrent libres d’agir à leur guise, ce qui plongea le pays dans le chaos.
En 1458, les Turcs conquirent Patras et Corinthe [4], qui tombèrent sous leur administration, réduisant ainsi le despotat de Morée à la majeure partie sud du Péloponnèse. Thomas et Démétrios en demeurèrent co-despotes mais se trouvèrent réduits à une stricte vassalité vis-à-vis du sultan, auquel ils devaient un tribut annuel.
En 1460, Mehmet II envahit la Morée, décidé à n’en faire plus qu’une province de l’Empire ottoman. Le 29 mai 1460, Mistra [5] tomba aux mains des Turcs et Thomas s’enfuit vers Corfou [6].
En novembre 1460, Thomas Paléologue se réfugia à Rome, auprès du pape Pie II, auquel il apporta en cadeau la tête de l’apôtre André, qu’il avait amenée de Patras. Il meurt à Rome en mai 1465.