Fils de Ptolémée V Épiphane et de la reine Cléopâtre 1ère Syra . Il était très jeune à la mort de son père en septembre 180 av.jc.
Sa mère exerce la régence et tente de défendre l’Égypte contre les visées de son propre frère Antiochos IV mais en vain car vers 170, peu après la mort de Cléopâtre, celui-ci s’empare de l’Égypte, et fait prisonnier Ptolémée VI tandis que le peuple d’Alexandrie le remplace par son jeune frère Ptolémée VIII Évergète II.
Antiochos IV doit cependant se retirer sous l’injonction de Gaius Popilius Laenas , ambassadeur du sénat romain en 168 mais Ptolémée VI depuis octobre 170 av. jc est obligé de partager son pouvoir avec son frère et sa sœur Cléopâtre II qu’il épouse.
En octobre 164 av. jc, il est chassé d’Égypte par son frère et se réfugie à Rome. Avec l’aide des Romains, il est rétabli en 163 et a l’intelligence de célébrer cette victoire par des actes d’amnistie. Il est, malgré les pérégrinations de son règne, un grand bâtisseur et reçoit de Caton l’Ancien le qualificatif de Rex optimus et benefissimus [1].
À partir de 152, il tente de profiter des troubles du royaume séleucide et soutient dans un premier temps l’usurpateur Alexandre 1er Balas à qui il offre sa fille Cléopâtre Théa en mariage vers 150 puis il change d’alliance et aide l’héritier légitime, Démétrios II Nicator à remonter sur le trône vers 148. Ce dernier épouse à son tour Cléopâtre Théa. Ptolémée et Démétrios sont vainqueurs sur l’Oronte [2] d’Alexandre Balas qui est tué mais Ptolémée est grièvement blessé et meurt peu après en 145.
Outre Cléopâtre Théa, il avait eu de son mariage avec sa sœur Cléopâtre II, deux autres enfants, un fils Ptolémée VII Eupator ou Néos Philopator et une autre fille connue sous le nom de Cléopâtre III.
Il fait aussi construire le temple d’Esna [3] où figure un zodiaque astronomique, que Ptolémée VII restaura par la suite.
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