Fils de Ptolémée V Épiphane et de la reine Cléopâtre 1ère Syra . Il fut porté sur le trône par les Alexandrins, en 170 lorsque son frère Ptolémée VI fut fait prisonnier par le roi Séleucide, Antiochos IV Épiphane.
Quand son oncle maternel Antiochos IV envahit l’Égypte vers 170, il installe Ptolémée VI comme un roi titulaire sur le trône ; cependant les gens d’Alexandrie n’acceptent pas cette décision et proclament comme roi, son frère sous le nom de Ptolémée VII .
Mais l’intervention diplomatique des Romains entraîne le départ d’Antiochos IV et le rétablissement de Ptolémée VI qui règne conjointement quelque temps avec son frère et leur sœur Cléopâtre II .
Mais les deux frères ne s’entendent pas et, en 163, Ptolémée VIII devient roi de Cyrénaïque [1] laissant l’Égypte à Ptolémée VI. Les relations entre les deux rois restent conflictuelles puisqu’en 154, Ptolémée VIII tente, en vain, d’enlever Chypre à son frère avec l’appui du sénat romain et en dépit de l’opposition de Caton l’Ancien partisan de Ptolémée VI. Fait prisonnier par son frère lors de cette tentative, il est épargné et renvoyé en Cyrénaïque.
À la mort de Ptolémée VI, tué sur l’Oronte en 145 dans sa lutte contre l’usurpateur du royaume de Syrie, Alexandre 1er Balas , Ptolémée VIII tente de s’emparer du trône d’Égypte. Il se voit opposer par sa sœur Cléopâtre II le fils qu’elle a eu de Ptolémée VI, Ptolémée VII Eupator.
Pour éliminer son neveu, encore jeune, Ptolémée VIII épouse la mère de celui-ci, Cléopâtre II, puis la fille de cette dernière et de son prédécesseur, sa nièce Cléopâtre III sans répudier la mère de cette dernière. Le jeune Ptolémée VII est assassiné selon certains auteurs le soir des noces de sa mère et de Ptolémée VIII.
En 131/130 Cléopâtre II parvient même à chasser Ptolémée VIII de sa capitale Alexandrie, dans une émeute où le feu est mis en partie au palais royal. Elle offre le trône à son gendre Démétrios II Nicator qui s’avance jusqu’à Péluse mais sans rien entreprendre de bien sérieux.
Pendant cette période trouble du pouvoir alexandrin, la Thébaïde [2] fait sécession sous le règne d’un souverain indigène se proclamant pharaon. Il prend le nom d’ Harsiésis, fils d’Osiris et gouverne la Haute Égypte pendant au moins 2 années.
Ptolémée VIII se réfugie à Chypre, avec Cléopâtre III, où de rage il fait assassiner le fils de 12 ans, Ptolémée Memphitis, qu’il a eu avec Cléopâtre II puis il expédie les morceaux démembrés à sa mère.
La reine possède le soutien des intellectuels et savants, nombreux à Alexandrie, qui n’oublient pas que l’une des premières décisions de Ptolémée VIII en 144 a été de chasser de nombreux savants d’Alexandrie dont le philologue Aristarque de Samothrace , ainsi qu’une partie de la population juive de la capitale.
Ptolémée s’appuie, chose nouvelle, sur la population autochtone, traditionnellement peu concernée par ces querelles intestines à la dynastie. Il reprend son trône en 129 et Cléopâtre se réfugie alors auprès de son gendre Démétrios II Nicator.
Elle ne retourne à Alexandrie qu’en 124, se réconciliant avec son frère et sa fille. Il semble que le mariage de la fille de Ptolémée VIII et de Cléopâtre III, Cléopâtre Séléné avec Antiochos VIII Gryphos ait servi de prétexte à cette réconciliation.
En 118 plusieurs décrets pris conjointement par Ptolémée VIII et les 2 Cléopâtre, dont un d’amnistie, semblent prouver qu’une accalmie s’est mise en place dans leurs relations.
Ptolémée VIII meurt en 116. Son fils Ptolémée IX lui succède.