Fille de Ptolémée VI Philométor , roi lagide d’Égypte et de sa sœur et épouse Cléopâtre II .
Elle épouse dans un premier temps vers 149 av.jc l’usurpateur Alexandre 1er Balas , dont elle a un fils Antiochos VI , puis son concurrent, nouvel allié de son père, Démétrios II Nicator vers 148-147. Démétrios s’empare du pouvoir définitivement vers 145. En 141 ou 137 selon certains auteurs, Démétrios II tombe entre les mains des Parthes [1] et épouse la fille de son vainqueur, Mithridate 1er , la princesse Rhodogune . Furieuse, Cléopâtre offre le trône et sa main au frère de Démétrios, Antiochos VII Sidêtês .
Démétrios, à la mort d’Antiochos VII, reprend le trône et Cléopâtre feint de se réconcilier avec lui. Mais peu après, en 125 elle le fait assassiner afin de régner seule. En 124, son fils, qu’elle avait eu avec Démétrios II, se proclame roi sans son accord sous le nom de Séleucos V Nicator . Elle s’en débarrasse promptement en 123 en le faisant poignarder ou selon Appien en le faisant tuer par un archer et en mettant sur le trône son second fils, Antiochos VIII Gryphos.
Celui-ci manifestant des désirs d’indépendance, elle tente de l’empoisonner, probablement vers 121 mais, méfiant, il oblige sa mère à boire le poison qu’elle lui destinait.