Neveu d’Innocent III, il fut successivement cardinal diacre, cardinal archevêque d’Ostie, puis légat pontifical en Allemagne. Élu pape en 1227, sous le nom de Grégoire IX, il mit en demeure l’empereur Frédéric II à partir en croisade. Devant le refus de celui-ci, il l’excommunia.
Lorsque Frédéric se décida à partir, il releva ses sujets de leur devoir d’obéissance et envahit la Sicile. A son retour de Terre sainte, l’empereur lui imposa la paix de San Germano [1] en 1230. Frédéric ayant envahi la Lombardie, le pape l’excommunia à nouveau en 1239. Il mourut alors que les troupes impériales assiégeaient Rome. Ami de Saint François d’Assise, il ne cessa de protéger les ordre mendiants, Franciscains et Dominicains. Il canonisa François, Dominique et Antoine de Padoue. Ce fut lui qui confia les offices de l’Inquisition aux Dominicains en 1232.