Lorsque le pape Lucius III prononça l’excommunication en 1184 contre les cathares il chargea les évêques de faire les enquêtes et de remettre les coupables au pouvoir laïc. Les peines en vigueur étaient alors l’emprisonnement et la confiscation. En 1232, le pape Grégoire IX dessaisit les tribunaux épiscopaux, qu’il jugeait trop complaisants, pour confier la responsabilité des enquêtes aux frères prêcheurs dominicains auxquels les franciscains seront plus tard associés. Ceux-ci ne dépendant que du pape. On verra le terrible inquisiteur champenois Robert le Bougre être suspendu en 1234, remis en fonction en 1235 et définitivement démis de ses fonctions et condamné en 1241. En 1252, Le pape autorisa les inquisiteurs à utiliser l’usage de la question* sous condition qu’elle ne mit pas en péril ni la vie, ni l’intégrité physique des accusés et qu’il y eut commencement de preuve. Confiée d’abord au bras séculier*, elle passe en 1262 aux mains des inquisiteurs. Les peines appliquées étaient de l’ordre de : Peines temporaires, port de croix jaune, flagellation, pèlerinage, pour les fauteurs d’hérésie, simples cathares, Prison à vie ou résidence surveillée pour les fugitifs, parjures, relaps : un cas sur neuf. Peine de mort pour les irréductibles parfois par le feu : un cas sur quinze.