Fondateur et 1er duc du Duché de Naxos [1], neveu du doge vénitien, Enrico Dandolo, il participa à la 4ème croisade en 1204 et à la négociation de l’achat de la Crète par Venise à Boniface de Montferrat.
Au début de 1205, on apprit à Constantinople qu’une flotte génoise avait fait son apparition dans l’Égée. Marco Sanudo, avec l’accord de son oncle Enrico Dandolo, mais aussi la bénédiction de l’Empereur latin recruta, sur ses propres deniers, les équipages pour huit galères mises à sa disposition afin d’essayer de contrer les Génois. Les marins recrutés étaient des Vénitiens tous volontaires.
Il aborda sur la côte sud-ouest de Naxos, près de Potamides. Le débarquement ne rencontra aucune opposition de la part de la population locale. La forteresse byzantine, Apalyrou, à peu près à 3 kilomètres dans les terres, était alors tenue par des Génois et des Grecs. Le siège de la forteresse dura 5 semaines. Sa prise donna le contrôle de l’intégralité de l’île.
Marco Sanudo devait cependant se faire confirmer sa conquête par les autorités de l’Empire latin. Il retourna donc à Constantinople. Baudouin avait disparu lors de la bataille d’Andrinople [2] le 14 avril, contre les Bulgares. Et l’oncle de Sanudo, le doge Enrico Dandolo était mort le 1er juin. Le podestat [3] nommé pour assurer l’intérim en attendant l’élection du doge suivant, Marino Zeno, et le Conseil des Vénitiens l’assurèrent que sa conquête serait confirmée. Cependant, une condition était posée, elle ne pouvait être transmise qu’à un Vénitien.
En juillet 1205, il partit pour Venise annoncer la mort du Doge et se faire confirmer sa conquête. Il participa à l’élection de Pietro Ziani qui lui accorda le droit de s’emparer à titre privé des Cyclades [4] non évoquées dans le Partitio Terrarum. En fait, ce droit fut accordé à tous les citoyens vénitiens pour tous les territoires byzantins non évoqués dans le Partitio Terrarum [5].
Les Génois s’étaient installés et fortifiés en Crète et à Corfou, menaçant l’hégémonie vénitienne. La Sérénissime arma une flotte pour les déloger.
Sanudo participa à l’expédition car les Génois en Crète menaçaient aussi directement son île. Enrico Pescatore , au service de Gênes, avec une flotte qui comptait principalement 8 galères, avait débarqué en Crète en 1206.
La flotte vénitienne captura 4 galères génoises à Spinalonga [6], puis patrouilla les eaux crétoises et arraisonna tous les navires ennemis. Cependant, il n’y eut pas de débarquement pour reprendre l’île. La campagne finie, la flotte vénitienne repartit vers ses bases et Marco Sanudo put se rendre à Constantinople se faire confirmer en 1207 sa possession par le nouvel Empereur, Henri de Hainaut qui avait succédé à son frère.
Marco Sanudo changea le visage de Naxos en faisant redescendre la population vers le littoral. Il fit construire dans son île une nouvelle capitale autour de sa forteresse, le castro. Il fit de même sur Milos [7] où il fit construire une nouvelle capitale plus près de la mer, Apanokastro où s’installa la population latine. Il fut l’initiateur des 2 principales lignes politiques suivies par le Duché de Naxos, l’indépendance vis-à-vis de Venise et les bonnes relations avec les Grecs de ses domaines
En 1210, il fit hommage à l’Empereur latin Henri de Hainaut qui lui accorda le titre de pair de l’Empire byzantin et de Duc de l’Archipel. Il respecta les droits et les propriétés des archontés [8] grecs. Sur les 56 fiefs recensés sur Naxos, plus de la moitié appartenaient à des Grecs. Il gouverna directement Naxos et Milos et nomma des gouverneurs pour les autres îles. Le Père Saulger lui attribua la création de toutes les institutions du Duché,. Il se serait entouré d’un conseil inspiré du modèle vénitien de la Commune et composé de Grecs et Latins. À ses côtés se serait trouvé un vicario qui le remplaçait quand il était absent. Le commandant en chef des troupes portait le titre de megas kapetanios. Il y aurait aussi eu un trésorier, un chancelier et une administration judiciaire.
Vassal de l’Empereur latin Henri de Hainaut, il lui devait aide militaire. Il combattit l’Empire de Nicée [9] à ses côtés. Il s’empara de Smyrne [10], principal débouché maritime pour Nicée. Il continua cependant à servir Venise comme lors de l’expédition en Crète en 1211. Il aurait aussi participé aux guerres menées contre Theodoros Angelos Doukas, le Despote [11] d’Épire [12]. Il accompagna l’Empereur dans sa dernière expédition militaire en 1216. Il se rendit à la convocation des vassaux à Thessalonique avec 1 500 hommes et son fils Angelo. Là, l’Empereur, juste avant son assassinat, reconnut ce dernier comme successeur de son père au titre de Duc de Naxos. Après l’empoisonnement d’Henri, il retourna sur Naxos, laissant son fils et ses troupes remplir les obligations féodales. Il décéda d’une longue fièvre, à plus de 70 ans, son fils Angelo Sanudo lui succéda.