3ème fils de Guillaume V de Montferrat et de Judith de Babenberg fille de Conrad III de Hohenstaufen, et né après le retour de son père de la 2ème croisade. Il appartient à la famille des Aleramici. Il est le jeune frère de Conrad 1er de Jérusalem. Comme le reste de sa famille, il soutient son cousin Frédéric 1er Barberousse dans ses guerres contre les communes lombardes. Boniface épouse en 1er mariage vers 1170 Helena del Bosco.
Il est membre du conseil de régence créé par Humbert III de Savoie pour son jeune fils Thomas. Boniface se remarie, fin 1186 début 1187, avec Jeanne de Châtillon, fille de Renaud de Châtillon et sa première épouse la princesse Constance d’Antioche.
En 1190 Boniface en compagnie du comte de Savoie, rend l’hommage à Henri VI, empereur, pour lequel Boniface occupe de nombreuses charges au point d’être récompensé par l’acquisition de plusieurs fiefs en 1191. Le 19 novembre 1191 Otton 1er du Carretto lui vend la seigneurie de Albissola. le 5 juillet 1192 le marquis Bérenger de Busca lui concède une partie de Cossano Belbo et de Loreto. Conrad et son père Guillaume V meurent, Boniface reste l’unique héritier et en 1192, il devient marquis.
Fidèle à Henri VI, il passe plusieurs mois aux côtés de l’empereur en Allemagne, lequel lui accorde le fief d’Alexandrie. En 1194 il commande une expédition navale pour conquérir Gaète qui a pour objectif la conquête de la Sicile orientale. Il est dans la suite d’Henri lors de son couronnement à Palerme, le 25 décembre, l’accompagnant lors de son retour avant de rentrer dans le Montferrat en 1196, où il s’engage pleinement dans les guerres contre les communes de l’Italie.
Il obtient arbitrairement de l’empereur la ville d’Asti mais avec la mort d’Henri VI, les habitants s’allient à Alexandrie et se révoltent occupant Castello di Annone.
En juin 1199 il se voit contraint de s’allier avec Asti, Alexandrie, Vercelli, Milan et Plaisance pour participer à une expédition dans le nord de la Lombardie. Lorsque le premier chef choisi pour mener la 4ème croisade, Thibaut III de Champagne, meurt en 1201, Boniface est pressenti, c’est un guerrier expérimenté et sa famille est déjà implantée en Orient, son neveu Baudouin et son frère Conrad ont été Rois de Jérusalem. Après s’être rendu à Paris pour discuter avec Philippe Auguste, vers septembre, il reçoit le commandement de l’expédition, rentrant qu’occasionnellement dans le Montferrat afin de régler au mieux les difficultés avec Alba, Asti et Alexandrie et voyageant fréquemment pour terminer les préparatifs de la croisade qui doit partir de Venise.
L’armée croisée est très endettée auprès de la République de Venise qui a accepté de fournir les navires. Boniface accepte donc de réduire pour elle les cités rebelles de Trieste, Moglie, et Zara. Le Pape est courroucé de cette attaque contre des villes chrétiennes. Il devient alors évident que le véritable chef de la croisade est le doge vénitien Enrico Dandolo, et non plus Boniface. Il ne participe pas à la prise de Zara, première ville à subir l’attaque des croisés. Le motif est inconnu mais on peut supposer que le marquis est resté à Venise pour négocier avec Philippe de Souabe et Alexis, fils de l’empereur de Byzance, qui a un rôle important dans la décision de mettre à sac la capitale de l’Empire d’orient en 1204. La proposition d’Alexis acceptée, le 20 avril, avec le doge Enrico Dandolo, Boniface embarque en direction du gros de la flotte chrétienne qui se trouve encore à Corfou, avec l’objectif de se diriger vers Constantinople.
L’usurpateur Alexis III renversé, les assiégeants couronnent Alexis avec le titre d’Alexis IV de Byzance. La situation évolue rapidement, les Byzantins en désaccord avec les croisés provoquent une rébellion qui conduit à la mort d’Alexis IV et à la proclamation de Alexis V Doukas. Les Vénitiens se mettent d’accord avec les autres chefs croisés pour se partager l’Empire, saccagent Constantinople. Boniface est salué comme le nouvel empereur. Le choix de Boniface s’oppose aux vues de Vénitiens, inquiet du pouvoir que peut prendre un parent du roi Philippe et allié de Gênes, ils optent donc pour Baudouin de Hainaut. Demandant en vain que lui soit reconnue la souveraineté sur les territoires asiatiques, Bonifacio conquiert Didymotique et assiège Andrinople.
Pour empêcher une guerre interne entre les croisés, le doge et les autres chefs conviennent de confier au marquis de Montferrat la Macédoine méridionale, entre Mosinopoli et Thessalonique. Boniface devient donc roi de Thessalonique et reçoit la Crète, il vend celle-ci très rapidement à Venise, après une négociation menée par Marco Sanudo. En 1204 à Constantinople, il se marie avec Margaret de Hongrie, fille du roi Bela III de Hongrie, elle est la veuve de l’empereur Isaac II Ange.
Après avoir instauré un gouvernement en Macédoine, il avance jusqu’en Thessalie et capture Alexis III qu’il envoie en exil dans le Montferrat, l’ex-empereur est emprisonné dans l’abbaye de Lucedio près de Trino. Par la suite, il descend jusqu’à Athènes et Thèbes, occupant aussi Corinthe, tous les territoires conquis sont confiés à ses compagnons d’armes.
Alors qu’il assiège Nauplie, il reçoit la nouvelle qu’à Thessalonique une révolte a éclatée. À toute vitesse, il revient sur ses pas, découvrant que la révolte a déjà pris fin. Sa femme Margaret de Hongrie, qui lui a donné son fils Démetrios, s’est réfugiée dans la forteresse de Thessalonique. Inquiet de la menace des Bulgares, qui ont attaqué Thessalonique pendant la rébellion, il décide de créer une force composée de croisés. Prenant la tête de l’expédition avec Henri de Hainaut, il est tué, le 4 septembre 1207, alors qu’il revient d’une incursion sur les monts du Rhodopes dans le territoire bulgare. Le royaume de Thessalonique passe à sa femme Margaret et à son fils Démetrios.