Fille aînée du général Stilicon et de Serena, nièce de l’empereur Théodose 1er. Pour préparer sa succession et la tutelle de ses fils par Stilicon, Théodose la fiança à Constantinople à son fils Honorius.
Elle l’épousa à 13 ans en 398, Honorius avait alors 14 ans, le mariage, purement politique, ne fut jamais consommé, en raison de la jeunesse des époux. Tandis que Serena, Marie, sa sœur et son frère s’installaient dans le palais impérial à Rome, Honorius résidait à Milan [1].
Au début de l’année 404, Honorius séjourna à Rome pour l’investiture de son 5ème consulat, et retrouva son épouse et sa belle-mère. Il avait alors 20 ans et Marie 19 ans, mais leurs retrouvailles restèrent infécondes.
Honorius revint une dernière fois à Rome en 407 pour revêtir son 6ème consulat. Mais Marie mourut vierge en février 407, à l’age de 22 ans. Le projet d’union de Théodose symbolisait l’intégration revivifiant de la germanité à une romanité épuisée. Son échec fut le présage du rejet de cette intégration. Elle fut inhumée chrétiennement à Rome.