Né sans doute à Alexandrie [1]. Plusieurs de ses ouvrages sont conservés, soit en grec, soit dans des traductions syriaques ou arabes.
Il a suivi les cours du philosophe Ammonios, fils d’Hermias, et a publié huit cours de philosophie dont certains au moins sont des notes prises par lui ou d’autres étudiants en écoutant le maître.
En 529, Philopon publie un traité “Contre Proclus”, Sur l’éternité du monde, réfutation du petit livre de Proclus “Contre les chrétiens”. La même année, l’empereur Justinien promulguait son édit ordonnant la fermeture des écoles philosophiques d’Athènes.
À partir des années 540 environ, Philopon se consacra à la rédaction de traités de théologie chrétienne de parti-pris monophysite, formulée dans les termes de la philosophie d’Aristote.
Au début des années 560, Philopon adhéra au trithéisme [2] fondé par Jean Asqunagès et rédigea un traité qui devint le principal texte de référence du groupe. Un peu plus tard, il publia un autre traité, Sur la résurrection, qui divisa les trithéites en deux groupes opposés.
Jean Philopon a écrit le plus ancien texte conservé sur l’astrolabe [3], Le “traité de l’astrolabe”, qui décrit l’astrolabe planisphérique et ses usages. Il y fait référence aux travaux de son maître Ammonios.
Dans “les Tmimata et dans L’Arbitre”, se faisant le porte-parole des monophysites [4], il combat à l’aide de catégories aristotéliciennes la théologie du nestorianisme [5], et celle du concile de Chalcédoine [6] qu’il assimile au nestorianisme.
Dans “De la création du monde”, Jean Philopon a montré que saint Basile, saint Grégoire de Nysse, saint Grégoire de Nazianze, saint Athanase, et la plupart des Pères de l’Église ont admis que la Terre était ronde.
Il est durement critiqué par les philosophes païens contemporains pour ces publications. Simplicius lui dénie la qualité de philosophe et le compare à une corneille qui se pare des plumes d’autrui ; il doute qu’il ait été l’élève d’Ammonios et que ce qu’il écrit vienne vraiment de lui.