Fils de Ptolémée XII, il lui succède en 51 av jc et règne conjointement avec sa sœur aînée Cléopâtre VII qu’il épouse.
Mais celle-ci ayant voulu exercer seule l’autorité, les tuteurs du jeune roi, Pothin et Achillas, excitèrent contre elle une sédition et la forcèrent à se réfugier en Syrie en 48 av jc. Toujours conseillé par Photin et Achillas, il consentit à l’assassinat de Pompée en 48 av jc sans pour autant s’attirer la faveur de César, qui, s’interposant entre Cléopâtre et lui, imposa le retour au pouvoir de la reine, devenue sa maîtresse. Il prit alors les armes, et dans un premier temps met en difficulté César vers la fin de 48 av jc qui ne possède que des effectifs réduits.
Finalement battu, il prend la fuite mais se noie le 15 janvier 47 av jc. Ptolémée XIV lui succède comme époux et associé de Cléopâtre.