Troisième fils du seigneur de Milan [1], Mathieu 1er et de Bonacosa Bori, il se destine à la carrière ecclésiastique. Il est élu archevêque de Milan [2] par le chapitre de la cathédrale, en 1317, mais le pape Jean XXII refuse cette décision et nomme Aicardo di Comodeia.
Après la condamnation familiale pour hérésie en 1323, il trouve dans l’antipape Nicolas V nommé par l’empereur Louis IV de Bavière un allié qui lui confère le cardinalat en 1329. En 1331, il devient évêque et seigneur de Novare [3]. En 1334, il négocie avec Aicardo di Comodeia la permutation des charges. Ce dernier ayant refusé, il faudra que Jean Visconti attende son décès, en 1339, pour s’installer, triomphalement accueilli, à sa place.
Le 16 août 1339, Azzon , seigneur de Milan, décède sans postérité et la lignée de Galéas 1er , le premier fils de Mathieu 1er, s’éteint. Le second, Marco, est mort sans postérité, en 1329. Indépendamment de la lignée du cinquième fils de Mathieu 1er, Étienne, mort en 1337, les seuls héritiers mâles du fief de Milan sont le 3ème et le 4ème fils, Jean et Lucien qui deviennent seigneurs de Milan.
Jean laissera cependant à Lucien toute latitude quant au gouvernement de l’État milanais.
Contre la somme de 500 000 florins et en l’absence de l’empereur, le pape leur accorde, en 1341, le vicariat qui les confirme dans leur fonction.
En 1342, une bulle papale de Clément VI lève l’accusation d’hérésie qui pèse sur Jean et sa famille et le reconnaît finalement comme archevêque de Milan.
Lorsque Lucien meurt, le 24 janvier 1349, Jean décide d’associer ses neveux, les 3 fils de leur frère benjamin Étienne, Mathieu, Galéas et Barnabé, à son gouvernement et les rappelle de l’exil dans lequel Lucien les avait confinés.
Le 9 octobre 1353, Jean est élu doge de Gênes [4] et y délègue comme gouverneur Guglielmo Pallavicino. L’année suivante, il devient seigneur de Bologne [5] et de Novare.
Il meurt le 5 octobre 1354 à Milan et ses 3 neveux Mathieu II , Galéas II et Barnabé lui succèdent, se partageant le gouvernement de la seigneurie.