Né à Jérusalem, fils d’un évêque palestinien de même nom que lui. À la suite de son prédécesseur Jean IV , il se signala comme un farouche adversaire du monothélisme [1], doctrine que l’empereur Héraclius et le patriarche de Constantinople Serge 1er avaient adoptée officiellement en 638 en promulguant l’Ecthèse [2].
Théodore y était d’autant plus sensible que sa province natale, la Palestine, avait été le principal foyer de résistance au monoénergisme [3] et au monothélisme sous l’influence du patriarche Sophrone de Jérusalem .
Sitôt après sa consécration, il écrivit au patriarche Paul II de Constantinople pour lui signifier son rejet total de l’Ecthèse placardée à Sainte-Sophie.
Le patriarche Pyrrhus de Constantinople , ancien collaborateur et successeur de Serge 1er, ardent défenseur du monothélisme, avait été démis de ses fonctions au moment du renversement de l’impératrice Martine et de son fils Héraclonas en septembre 641, et remplacé par Paul II.
Réfugié en Palestine, puis à Carthage, il entra en contact avec un des chefs du parti anti-monothélite, le moine Maxime le Confesseur. Les deux hommes débattirent, et une dispute publique fut organisée en présence de l’exarque [4] de la province, Grégoire en juillet 645. Pyrrhus s’avoua vaincu et persuadé, et écrivit même un opuscule contre le monothélisme. Les deux ecclésiastiques se rendirent à Rome, où Théodore 1er prononça la réhabilitation de Pyrrhus et le tint pour le patriarche légitime de Constantinople. Cependant Pyrrhus, de retour à Constantinople, revint peu après au monothélisme.
En 647, Théodore 1er excommunia pour hérésie le patriarche Paul II de Constantinople. Quand celui-ci l’apprit, il fit supprimer l’autel appartenant au pape au palais de Placidie et rompit tout contact avec l’Église de Rome et expulsa le nonce [5].
Cependant, soucieux d’éviter un schisme, l’empereur Constant II promulgua en septembre 648 un édit appelé le Typos [6]. Refusant ce compromis, Théodore 1er prépara le concile tenu au Latran par son successeur Martin 1er et qui condamna à la fois le monothélisme et le Typos.
Théodore 1er fut le premier pape à reprendre officiellement le titre de pontife, venant du titre latin pontifex maximus [7] qui désignait le chef de la religion romaine à l’époque païenne et qui fut porté par les empereurs romains d’Auguste à Gratien, lequel l’abandonna en 379. À partir de Théodore 1er, les papes s’intitulèrent summus pontifex [8]. Théodore utilisa aussi le premier le titre de patriarche d’Occident, qui fut abandonné par Benoît XVI en 2006.
Il introduisit dans la liturgie romaine la fête orientale de la Dormition de Marie, qui plus tard, vers 770, fut appelée Assomption. À Rome, il fit bâtir l’église Saint-Valentin et orna somptueusement l’église Saint-Étienne [9].