Il naît à Éphèse [1] dans la seconde moitié du 6ème siècle av. jc. D’après Aristote, il serait mort à l’âge de 60 ans.
Des lettres apocryphes [2] le désignent comme un contemporain de Darius 1er. Ce dernier aurait invité Héraclite à sa cour, mais le philosophe déclina l’invitation.
Héraclite est issu d’une famille illustre et sacerdotale. Il renonce en faveur de son frère aux privilèges que lui donnait le statut de descendant de Codros , roi d’Athènes, dont le fils, Androclès, fonda Éphèse. Parmi ces distinctions, on comptait la fonction honorifique de roi ou la présidence des cérémonies de Déméter. Il lutta contre les démocrates de sa ville, et n’était guère apprécié de ses concitoyens. Son ami Hermodore fut banni de la ville.
Lui-même semble avoir été persécuté pour athéisme. Ermite, il partit vivre dans les montagnes, vivant de plantes ; mais, étant tombé malade il mourut d’hydropisie, d’autres disent qu’il mourut plus tard d’une autre maladie.
C’est l’un des rares Présocratiques [3] dont nous connaissions un peu le caractère, d’humeur mélancolique, sans pouvoir véritablement distinguer la légende de la vérité, mais Théophraste attribue son humeur mélancolique à l’imperfection de certaines parties de son ouvrage et ses contradictions. Héraclite essaye d’exprimer une vérité qui bouscule la pensée rationnelle, car pour lui la logique de la pensée ne peut atteindre l’épicentre de la philosophie.