Né à Samos, une île de la mer Égée au sud-est de la ville d’Athènes.
Sa vie énigmatique permet difficilement d’éclaircir l’histoire de ce réformateur religieux, mathématicien, philosophe et thaumaturge.
Le néopythagorisme [1] est néanmoins empreint d’une mystique des nombres, déjà présente dans la pensée de Pythagore.
D’après un écho marquant d’Héraclide du Pont, Pythagore serait le premier penseur grec à s’être qualifié lui-même de philosophe.
Son père, Mnésarque, ciseleur de bagues, et sa mère, Parthénis, dont le mythe dit qu’elle était la plus belle des Samiennes, descendraient tous deux du héros Ancée, fils de Zeus, qui avait fondé la ville de Samos.
Pythagore est un athlète. Selon une tradition, Pythagore participe aux Jeux olympiques à l’âge de 17 ans. Ce serait la 57e olympiade. Il remporte toutes les compétitions de pugilat [2].
À 18 ans, en 551, il quitte Samos. Il va s’instruire à Lesbos [3] auprès de Phérécyde de Syros , un sage.
En Syrie ou Phénicie. Il rencontre les descendants du prophète et naturaliste Môchos de Sidon. Il fréquente des hiérophantes. Il se fait initier à Tyr [4] et à Byblos [5] et ailleurs. Il revient à Samos, une première fois, suivre les enseignements d’Hermodamas de Samos, un lettré en matière homérique.
Dès Hécatée d’Abdère, les historiens soutiennent que Pythagore part en Égypte vers 547, vers Memphis et Diospolis [6], pour plusieurs années. Dans cette ville se trouve le sanctuaire de Zeus Ammon. Il est reçu par les prêtres, sous Amasis , pharaon de 568 à 526 et connu de Polycrate de Samos. Il apprend la langue à Memphis dans un centre d’interprétariat fondé par Psammétique 1er pharaon en 663. Il étudie la géométrie, l’astronomie des Égyptiens. Il est initié aux Mystères de Diospolis et à la doctrine de la résurrection d’Osiris.
Pythagore se rend en Crète, dans l’antre de l’Ida, haut lieu ésotérique, sous la conduite, dit-on, d’ Épiménide de Crète , et des initiés du Dactyle [7], Morgès. Puis il va en Thrace [8], pour rencontrer les orphiques.
Il revient à Samos une seconde fois. Il commence à enseigner dans un amphithéâtre à ciel ouvert, l’Hémicycle, sans grand succès.
Banni par Polycrate, tyran de Samos, ou bien fuyant, selon Aristoxène, la tyrannie de Polycrate, il quitte Samos vers 535, il part avec son vieux maître Hermodamas. Il va en Grande-Grèce et débarque à Sybaris [9], ville riche et voluptueuse sur le golfe de Tarente.
Il préfère s’installer à Crotone [10], toujours sur le golfe de Tarente, en Calabre, car la ville a un culte pour Apollon et une école de médecine célèbre. Le célèbre athlète Milon de Crotone , 6 fois champion aux jeux Olympiques, et prêtre d’Héra Lacinia, épouse sa fille, Myïa. Son influence sur Crotone s’étend de l’assemblée aux enfants en passant par les adolescents et les femmes qui venaient tous l’écouter. Il ne donne sans doute pas des lois aux Crotoniates, mais il appuie un régime politique de type oligarchique, c’est-à-dire aristocratique, réservé à une élite. Antidémocrate, il pense que c’est une chose insensée de tenir compte de l’opinion du grand nombre.
Il fonde son école à Crotone en 532. C’est une communauté, quasiment une secte, à la fois philosophique, scientifique, politique, religieuse, initiatique. Il fonde d’autres communautés dans les villes d’Italie et de Grèce, Tarente, Métaponte, Sybaris, Caulonia, Locres, et, en Sicile, Rhégium, Tauroménium, Catane, Syracuse. Il ne semble pas qu’il veuille fonder une fédération politique des cités du golfe de Tarente. À Crotone, il ferait la rencontre d’ Abaris le Scythe , grand magicien et “chamane”.
En 510, une révolution populaire à Sybaris, sous la conduite d’un orateur démocrate, Télys, massacre des pythagoriciens, et 500 aristocrates se réfugient à Crotone. Une guerre s’ensuit entre Sybaris et Crotone. L’aristocratie de Crotone, sous la conduite de Milon de Crotone, l’emporte avec 100 000 hommes contre 300 000. Elle massacre à son tour la population et rase Sybaris.
Il s’inquiète du progrès du parti démocratique. Il annonça à ses disciples qu’un soulèvement allait éclater, et de partir pour Métaponte, port de la Lucanie, toujours sur le golfe de Tarente. Sans doute il y trouve une communauté pythagoricienne déjà installée. Il a des disciples qui deviennent illustres, dont le médecin Alcméon de Crotone, le mathématicien Hippase de Métaponte. Les habitants de Métaponte appelaient sa maison « le temple de Déméter », et sa ruelle « temple des Muses ».
Peut-être, en 499, il va enterrer à Délos, grand centre religieux, son vieux maître Phérécyde de Syros.
Pythagore meurt à Métaponte.