Né à Rouen, fils de Jacques Agathe Duphly et de Marie-Louise Boivin épousé le 2 mars 1708. Son grand-père maternel était Jacques Boyvin , organiste de la cathédrale de Rouen. Élève de François d’Agincourt , il débute une carrière d’organiste à l’âge de 17 ans à la cathédrale d’Évreux [1] en 1732 puis dans plusieurs églises à Rouen dont Saint Éloi de Rouen en 1734 ou il fait construire un orgue neuf par Charles Lefebvre. Il obtient la tribune de Notre Dame de la Ronde à Rouen le 13 avril 1740 qu’il quitte le 22 mai 1742, peu après le décès de son père.
Puis il s’installe à Paris rue de la Verrerie et abandonne l’orgue pour se consacrer dès lors uniquement au clavecin, en tant que professeur et artiste indépendant fréquentant les élégants salons parisiens comme ceux des Du Hallay ou des Noailles et devient également l’un des professeurs de clavecin les plus réputés de Paris.
Son œuvre comprend quatre livres de pièces parus respectivement en 1744, 1748, 1756 et 1768. Ces pièces souvent virtuoses retracent l’ultime évolution de la littérature pour le clavecin avant que celui-ci disparaisse, remplacé par le piano dans la faveur des musiciens.
Si les premières œuvres s’inscrivent dans la grande tradition française illustrée par Couperin, les dernières ressortent clairement du style galant en faveur à la veille de la Révolution.
En 1765, il a Richard Fitzwilliam comme élève. Le dernier livre est dédicacé à la marquise de Juigné, dont, d’après son testament en date du 2 juillet 1789, il serait écuyer. Il habite l’Hôtel de Juigné [2] dans un petit appartement qui surplombe les jardins pour lequel il paie 300 livres par an.
A partir de 1768, Duphly, qui a alors 53 ans, cesse d’écrire et disparaît peu à peu de la scène parisienne. Il continue d’enseigner le clavecin jusqu’en 1783, comme en témoigne l’Almanach Musical.