Fille du connétable Olivier V de Clisson et de Catherine Béatrix de Laval, elle épouse le 20 janvier 1388 Jean 1er de Châtillon, comte de Penthièvre qui décède en 1404. Elle est connue pour avoir passé sa vie à intriguer pour mettre un de ses fils à la tête du duché de Bretagne.
En mai 1420, l’ambitieuse comtesse de Penthièvre tendit un piège au duc Jean V et à son frère le comte d’Étampes et les fit prisonnier au château de Clisson. Marguerite de Clisson fut obligée par un soulèvement général du duché de rendre la liberté à son suzerain. A la suite de cet attentat les biens des Penthièvre furent confisqués et Clisson devint l’apanage de Richard d’Etampes. Elle fit édifier le porche de la fontaine Saint-Brieuc en 1420.
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