Fils cadet d’Albert de Bavière, comte de Hainaut, de Hollande et de Zélande, petit-fils de l’empereur Louis IV de Bavière et frère de Guillaume IV de Hainaut. A peine âgé de 17 ans, il fut choisi pour succéder à Arnould de Hornes dans l’évêché de Liège et fut intronisé en grande pompe en juillet 1390. Il reçut ensuite, moyennant dispense pontificale, le sous-diaconat, le seul ordre qui ne lui fut jamais conféré.
Dès le début de son règne, il s’attira l’hostilité de ses sujets liégeois, soucieux de maintenir leurs privilèges et coutumes. De plus, l’élu refusait d’entrer plus avant dans les ordres pour devenir évêque. Au bout de quelques années d’un règne agité, il dut se retirer à Maastricht en 1402 alors que les autres villes choisissaient Henri de Perwez, sire de Hornes, comme mambour. Encouragés par l’inaction de Jean de Bavière, ses opposants persécutèrent ses partisans et proclamèrent même sa déchéance en 1406.
Le fils du mambour, Thierry de Perwez, fut choisi comme évêque et ses troupes assiégèrent Maastricht dans l’hiver 1407- 1408. La maison de Bavière ne pouvait tolérer ces humiliations. Son beau-frère, Jean sans Peur, duc de Bourgogne se porta à son secours et écrasa les milices liégeoises à Othée en septembre1408. Suite à cette victoire, la Paix des vainqueurs supprima toutes les institutions communales liégeoises et Jean de Bavière exerça dès lors un pouvoir sans limites jusqu’à ce que son frère, Guillaume IV de Hainaut, meure en 1417 sans héritier mâle. Il conçut alors le projet de s’emparer de l’héritage de sa nièce Jacqueline de Bavière. Il abdiqua de l’évêché de Liège et parvint à se faire reconnaître comme comte de Hainaut, de Hollande, de Zélande et de Frise par l’empereur Sigismond dont il épousa la nièce, Elisabeth de Görlitz, veuve d’Antoine de Bourgogne Duc de Brabant. Il s’entendit ensuite avec Jean IV de Brabant, époux de Jacqueline de Bavière, qui lui céda, malgré l’opposition de sa femme et des États de Brabant, la Hollande, la Zélande et la Frise en 1420. Jacqueline de Bavière, qui conservait le Hainaut, se sépara alors de son mari et rechercha l’alliance du roi d’Angleterre en épousant son frère, le duc de Gloucester. Elle revint ensuite sur le continent à la tête d’une armée anglaise pour tenter de reconquérir son héritage en octobre 1423. Jean de Bavière, qui tenait encore la Hollande, mourut sur ces entrefaites à Delft, sans héritier en janvier 1424.
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