Seul fils de Jean II et de Éleonore de Viseu. Il a épousé l’infante Isabelle d’Aragon, fille héritière des rois catholiques Isabelle 1ère de Castille et Ferdinand II d’Aragon. Alphonse est mort mystérieusement d’une chute à cheval et l’hypothèse d’un assassinat est toujours présente . Le roi aimait tellement son fils, qu’il a baptisé Principe (Prince) la plus petite île de l’archipel de Sao Tomé-et-Principe.
Après la mort du prince Alphonse, Jean II essaya de nommer comme héritier du royaume, son fils naturel Georges de Lancastre, 2ème duc de Coimbra, mais la lignée légitime se maintint avec le 4ème duc de Beja, qui devint roi sous le nom de Manuel 1er.
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