Réputée pour sa grande beauté, elle est la fille du roi géorgien Bagrat IV et la femme du Basileus Michel VII Doukas dont elle a un fils Constantin. Après la déchéance de son époux elle est d’abord enfermée au monastère de Stoudion par Nicéphore Botaniatès. Ce dernier l’en fait sortir pour l’épouser ce qui provoque un scandale car son premier mari est encore en vie moine et futur métropolite d’Éphèse.
Après la déchéance de Nicéphore Botaniatès elle devient une proche de la famille Comnène, elle favorise la carrière du futur Alexis 1er Comnène. Dans un premiers temps, en 1078, elle adopte Alexis faisant de lui le frère, et protecteur, de son fils Constantin. Il semble qu’assez rapidement le jeune général et Marie deviennent amants, bien qu’Alexis soit lui-même marié depuis janvier 1078 avec Irène Doukas.
Quand en 1081 Alexis prend le pouvoir, il semble qu’il ait hésité à répudier sa femme pour épouser Marie d’Alanie. A peine s’est-il emparé de la ville qu’il tente de se faire proclamer empereur seul, sans sa femme à ses côtés. Il est vrai qu’Anne Dalassène, la mère d’Alexis, déteste cordialement la famille Doukas et verrait d’un assez bon œil la répudiation d’Irène afin que son fils épouse Marie. Mais Alexis ne peut s’aliéner la plus puissante famille de Constantinople et en particulier le césar Jean Doukas, grand-père de sa femme, qui l’a soutenu dans son accession au trône.
Marie quitte alors le palais impérial en échange d’un chrysobulle qui confirme les droits pour l’avenir de son fils en l’associant au trône. Elle s’installe alors au monastère des Manganes dont elle fait une véritable cour parallèle à celle du palais impérial. Réputée pour sa piété et sa générosité envers les pauvres et les orphelins elle est aussi accusée par certaines rumeurs d’entretenir toujours une relation avec l’empereur. Elle continue en tout cas à avoir des relations chaleureuses avec les souverains qui lui confient l’éducation de la petite Anne Comnène jusqu’à l’âge de huit ans. Elle tombe brutalement en disgrâce à l’été 1094 ainsi que son fils. Il semble qu’elle soit impliqué dans le complot de Nicéphore Diogène son beau-frère et qu’elle ait agit exactement comme avec Nicéphore III pour assurer les droits au trône de son fils Constantin dont la position était menacée par la naissance du fils d’Alexis, le futur Jean II Comnène. Alexis semble gêné par cette implication et empêche que son nom soit divulgué pendant l’instruction des coupables. Elle est exilée au couvent de Prinkipô, exil peu rigoureux semble-t-il puisqu’elle reçoit librement des visites et peut se déplacer. On ignore la date de sa mort, sans doute après 1103.