Cadette des filles de Ferdinand 1er, empereur du Saint Empire romain germanique et d’Anne de Bohème et de Hongrie.
Ayant été mariée par procuration à François 1er de Médicis, grand-duc de Toscane [1], elle rejoint son mari le 18 décembre 1565 à Florence [2]. Rapidement délaissée par son mari, elle est avant même son arrivée en Toscane impopulaire auprès du peuple florentin parce qu’elle est la fille de l’empereur.
Son beau-père, plus aimable avec elle, fait décorer à son intention la cour du Palazzo Vecchio [3] par des tympans peints d’illustrations des villes autrichiennes, par des élèves de Giorgio Vasari , et la fontaine de Verrocchio.
En 12 ans de mariage, elle donne à son mari 8 enfants, d’abord 6 filles avant de donner naissance à 1 garçon qui mourra d’une encéphalite à l’âge de 4 ans. Le huitième enfant meurt à la naissance, le couple n’aura donc pas d’héritier direct. Parmi leurs filles, on compte Marie de Médicis, future reine de France, femme d’Henri IV et mère de Louis XIII.
Le 10 avril 1578, âgée de 31 ans, elle meurt en couches à Florence, ce qui permet à François 1er d’épouser sa maîtresse Bianca Cappello .