Fille d’ Albert III de Bavière et d’ Anne de Brunswick-Grubenhagen . Le mariage entre Marguerite et Frédéric 1er de Mantoue a aidé les relations commerciales entre les deux Etats.
Marguerite était cyphose [1] et n’a pas été en mesure de parler ou de lire l’italien quand elle est arrivée, mais la relation avec Frédéric a été décrite comme heureuse.
La cour a été dominée par sa belle-mère, mais Marguerite a évité tous les conflits. Lors de la guerre contre l’Aragon [2] Frédéric nomma Marguerite comme régente, en son absence, au cours du printemps et de l’été de 1479. Elle est décédée au cours de son règne.