Fils de Ptolémée VI Philométor et de la reine Cléopâtre II Philométor Soteira. Entre le 3 février 152 et le 5 avril 152, alors qu’il n’a que 14 ans, son père le nomma corégent, ainsi il devint officiellement roi de Chypre. Il mourut la même année le 31 août de la peste qui frappait à ce moment-là toute l’Égypte.
Ptolémée Eupator est attestée sur un petit nombre de documents et inscriptions. Aucune titulature n’est connue pour ce roi. Il ne faut donc pas le confondre avec son frère Ptolémée VII Eupator.