Jacobus Arminius naquit à Oudewater [1]. Orphelin d’un père, fabricant d’armes, qu’il n’a jamais connu, l’enfant fut élevé par Theodorus AEmilius, un prêtre penchant pour le protestantisme.
Vers 1572, Arminius et Aemilius s’installèrent à Utrecht. Le jeune Jacobus y fit ses études, probablement à la Hieronymusschool [2].
Après le décès d’AEmilius, Arminius, il entra en relations avec le mathématicien Rudolphus Snellius , également originaire d’Oudewater. Ce dernier le fit étudier à l’université où il enseignait.
En 1576, Arminius se fit enregistrer en tant qu’étudiant en arts libéraux et en théologie à l’université de Leyde [3] qui venait juste d’être ouverte. Au cours de ses études, il se distingua de telle manière qu’il obtint une bourse de la guilde [4] des marchands d’Amsterdam aux fins d’étudier à Genève et d’y suivre les cours de Théodore de Bèze, successeur de Calvin.
Son séjour genevois achevé, il séjourna en 1586 en Italie avant, l’année suivante, d’être appelé à Amsterdam comme prédicateur.
En 1588, Arminius fut nommé prédicateur de la Vieille Église. En 1590, il épousa Élisabeth Reael. À partir de 1591, il fut attaqué par Petrus Plancius , lequel estimait que la conception de la doctrine de la prédestination professée par son collègue était trop libre. En 1593, leur querelle s’apaisa.
En 1603, Arminius devint professeur à la faculté de théologie de Leyde. Cette nomination suscita une violente protestation de la part de son collègue à la faculté, Franciscus Gomarus et, en 1604, les autres professeurs entrèrent dans la querelle. Le débat portait sur la prédestination.
Bientôt le désaccord religieux se transforma en lutte politique à l’échelle du pays. En 1607, on créa une commission pour régler le conflit, mais ce n’est qu’en 1618, au cours du synode de Dordrecht [5], que l’on décida que la doctrine de Gomarus serait celle de l’Église réformée.
Fondateur de la notion d’arminianisme qui amènera à la fondation de la Fraternité remonstrante, il prétend, contre la doctrine de Calvin sur la prédestination, que la détermination de la destinée de l’homme par Dieu n’est pas absolue. L’acceptation ou le refus de la Grâce par l’homme joue aussi son rôle dans la justification.
Il défend le libre examen comme supérieur aux doctrines des Églises établies. En cela, il se montre un précurseur du libéralisme théologique. D’abord nommés « arminiens », ses partisans soumirent une remonstrance aux gouvernements et aux assemblées de Frise et de Hollande afin d’obtenir plus de tolérance à leur égard, en particulier de la part des gomaristes [6].