Fils du comte Étienne II d’Auxonne et de la comtesse Béatrice de Chalon. Sa sœur Béatrice d’Auxonne deviendra l’épouse de Simon de Joinville .
Le 5 juin 1237, il échange à Saint-Jean-de-Losne [1] avec le duc Hugues IV de Bourgogne les comté de Chalon [2] et Comté d’Auxonne [3] hérités de ses parents contre plusieurs seigneuries : Salins [4], Belvoir, Vuillafans, Ornans, Montfaucon, Arlay, le château des Clées au pays de Vaud, Chaussin et Orgelet. Il devient ainsi l’un des plus puissants seigneurs du Comté de Bourgogne [5].
Il s’appuie sur les gens des bourgs auxquels il concède des chartes d’affranchissement et sur le clergé en accueillant les Dominicains qui remplissent les fonctions d’Inquisiteurs.
La possession de Salins, par l’exploitation du sel, donne à Jean la fortune nécessaire pour obtenir les appuis et acquérir les terres qui lui confèreront sa puissance. Pour protéger cette cité et ses routes commerciales, il hérisse la région de châteaux forts : Le Pin, Montmahoux, Saint-Anne, Arguel et Nozeroy où il réside habituellement. Pour éviter les péages du comte de Pontarlier [6], il achète aux moines de Saint-Claude [7] les forêts de la région de Pontarlier et de Jougne [8] qu’il fait défricher, dans lesquelles il trace de nouvelles routes et où il fonde les localités de Châtelblanc, de Chaux-Neuve et de Rochejean, cette dernière conservant dans son appellation le souvenir de l’illustre baron.
En 1248, après le décès du comte Othon III de Bourgogne , Jean devient comte régent du comté de Bourgogne pour son fils Hugues de Chalon , sa belle-fille Adélaïde 1ère de Bourgogne ou Alix de Méranie et son petit-fils Othon IV de Bourgogne.
Il meurt le 31 août 1267. Il est inhumé dans l’abbaye de la Charité [9] auprès de son père Etienne d’Auxonne.