Fils de Philippe Le Portier de Marigny, il est le demi-frère d’Enguerrand de Marigny, à qui il dû ses premiers sièges épiscopaux et le frère de Philippe archevêque de Sens , qui s’illustra en présidant le procès des Templiers, sous Philippe IV le Bel.
Étudiant en droit civil à Orléans en 1309, il est chantre de Notre-dame de Paris. Il est curé de Gamaches [1] et possède des prébendes à Rouen, Paris, Sens, Lisieux, Auxerre, Meaux, Arras, Chartres et Orléans. Il devient archidiacre [2] de Sens en 1312
Jean de Marigny est nommé le 8 janvier 1313, sur recommandation du roi par le pape Clément V, évêque de Beauvais [3]. Pendant la longue période où il avait la charge du diocèse de Beauvais, il fut le maître d’œuvre du chantier de reconstruction de la cathédrale, entrepris dès le 12ème siècle, après l’incendie qui détruisit en 1247 la première cathédrale, qu’il mena à terme. Après l’effondrement de la nef, le 28 novembre 1284, le découragement des bâtisseurs fut immense. L’écroulement du monument en construction aurait pu être fatal au chantier. Jean de Marigny réussit, après trois décennies d’arrêt, à relancer la construction en offrant des verrières. Cela lui permit de réengager un plan de construction, car il fallait bien reconstruire pour enchâsser cette gigantesque portion d’édifice. Et en 1347, lorsqu’il quitta Beauvais pour devenir archevêque de Rouen, les travaux de mise en place de la verrière étaient pratiquement achevés.
La chute d’Enguerrand lui donne moins d’importance avant l’arrivée de Philippe VI de Valois. Il devient conseiller clerc à la grande chambre du Parlement en 1328, puis pendant la vacance de la chancellerie est nommé garde des sceaux du roi de France Philippe VI de Valois, après le décès de Mathieu Ferrand , pendant deux mois jusqu’au 1er juillet 1329. Cette année-là, il fit échouer les prétentions du roi d’Angleterre à la régence de France. Il est président de la chambre des comptes de 1343 à 1344.
Il fut l’un des commissaires envoyés en Asie mineure avec l’amiral Jean II de Chepoix, pour préparer une nouvelle occupation de la Terre sainte.
Le 24 décembre 1332, Jean de Marigny prend congé du roi Philippe VI, dont il est devenu le principal conseiller, pour partir en pèlerinage en Terre sainte en compagnie du roi de Bohême Jean de Luxembourg et de son armée, en partance pour une expédition guerrière en Italie.
De 1339 à 1345, il exerce les fonctions de lieutenant du roi en Languedoc, puis vice-roi en 1347.
En 1342, Jean de Marigny fonde, près d’Albi, dans l’actuel département du Tarn, la bastide de Beauvais-sur-Tescou [4], qui ne connut pas le développement qui lui était assigné.
Pendant la guerre de Cent Ans, il assura la défense de Beauvais, lors du siège de la ville par les Anglais, qui durent renoncer.
Le 29 janvier 1346, il adressa un mandement au maître des forêts royales de la sénéchaussée de Toulouse, avec une copie du mandement royal du 6 décembre 1345, lui enjoignant, sous peine de privation de son office, de faire apporter à Toulouse, des forêts du Fousseret, de Saint-Rome ou de toute autre, les bois nécessaires à la défense de la ville.
Il devient enfin le 14 mai 1347 archevêque de Rouen. Il acquiert le fief de Corny, réserve une rente au chapitre de la cathédrale de Rouen, donne des terres à la collégiale d’Écouis [5]. Il donne les reliques de sainte Marguerite à l’hôpital de la Madeleine de Rouen [6].
Présent lors de la consécration de la collégiale d’Écouis en 1313, fondée par Enguerrand de Marigny, il y est enterré à sa mort le 27 décembre 1351.