Né dans le Latium [1], issu de la puissante famille des Tusculani [2], fils d’ Albéric III de Tusculum , neveu des papes Benoît VIII et Jean XIX. À la mort de ce dernier, Albéric fait élire son fils pape. Laïc et également très jeune.
Il continue la politique d’apaisement ébauchée par son prédécesseur vis-à-vis de la noblesse, son père se retire partiellement de la vie politique, peu à peu remplacé par son frère, Grégoire II. Les contacts avec l’Empereur ne commencent pas avant la décision de Conrad II le Salique, en 1037, de déposer Aribert, archevêque de Milan. Contrairement aux espoirs impériaux, Benoît n’approuve pas immédiatement cette décision, mais attend l’année suivante pour excommunier Aribert, comme demandé. Il fait également preuve de son indépendance en cassant en 1044 la décision imposée par Conrad II à Jean XIX au sujet du patriarcat d’Aquilée [3].
En matière ecclésiastique, il soutient les ordres monastiques contre les ordinaires. Sur l’initiative de Pierre Damien, il dépose 2 évêques considérés comme simoniaques [4]. Il canonise Siméon de Syracuse , mort en ermite à Trèves [5].
En septembre 1044, une émeute contre le clan Tusculanum, menée par les Stephani, une branche des puissants Crescentii [6], rivaux des Tusculani, le force à fuir Rome. Poussés par les Stephani, les Romains élisent Jean, évêque de Sabina en janvier 1045 au terme d’une lutte féroce. Il est intronisé le 13 ou 20 janvier 1045 sous le nom de Sylvestre III .
Benoît IX réagit par une ex communion immédiate. Trois mois plus tard, il parvient à prendre Rome et retrouve le trône pontifical le 10 mars. Il devient alors un simple pion dans l’échiquier politique romain, où s’affrontent les grands clans familiaux. Le 1er mai 1045, il se démet en faveur de son oncle, Jean Gratien, qui est élu sous le nom de Grégoire VI . De larges sommes sont échangées à cette occasion, sous le prétexte de dédommager le clan Tusculum. Benoît IX se retire sur ses terres familiales et ne paraît plus en public.
En 1046, l’empereur germanique Henri III, appelé à mettre fin à l’anarchie, se rend en Italie. Grégoire VI convoque le concile de Sutri [7]. Sylvestre III est condamné mais Grégoire VI ne peut pas nier qu’il a acquis sa tiare par simonie : il se voit contraint d’abdiquer.
Sous la pression d’Henri III, le concile élit pape, en décembre 1046, Suidger, évêque de Bamberg, qui prend le nom de Clément II . Ce dernier meurt moins d’un an plus tard, le 9 octobre 1047. Les Tusculani profitent de l’occasion pour réinstaurer Benoît IX sur le trône de Pierre. Il accède ainsi une troisième fois au siège pontifical, du 8 novembre 1047 au 17 juillet 1048. Un parti romain proteste auprès de l’Empereur, qui se prononce contre Benoît IX et fait élire à la fin de 1047 le Bavarois Poppo de Brixen, qui prend le nom de Damase II. Ce dernier ne sera pape que 23 jours, il meurt à Palestrina [8] de la malaria.
Cependant, Benoît IX a pris la fuite après qu’Henri III ait envoyé à Rome le marquis Boniface de Canossa. Celui-ci fait alors élire le Lorrain, Brunon d’Eguisheim-Dagsbourg qui prend le nom de Léon IX. Avec l’aide de l’Empereur, le nouveau pape combat les Tusculani et ravage leurs fiefs. Refusant de répondre aux accusations de simonie pesant contre lui, Benoît IX est excommunié, de même que ses proches.
À la mort de Léon IX, en avril 1054, Benoît IX tente une nouvelle fois de monter sur le trône pontifical, en vain. Après cet ultime échec, il se retire dans le monastère de Grottaferrata, qui appartient à la sphère d’influence des Tusculani.