Il succéda à son père en 685. Il régna à Damas de 685 à 705, étendit ses conquêtes dans l’Afrique, l’Arabie et l’Inde et reprit la Mecque qui s’était déclarée indépendante.
Il fit le premier frapper de la monnaie arabe puisqu’en 696, il créa le système monétaire omeyyade basé sur un dinar d’or.
Bassora [1] et sa région connaissaient des troubles suscités par les kharidjites [2] eux-mêmes en proie à des divisions internes. Koufa [3] et le reste de l’Irak connaissaient aussi une situation anarchique. Le kharidjite Al-Mukhtar ben Abi Ubayd avait pris la tête de l’insurrection. Marwân avait envoyé une armée sous le commandement de Ubayd Allah ben Ziyâd pour combattre Al-Mukhtar. Il renouvela les ordres donnés par son père, mais l’armée resta un an bloquée en apprenant qu’Al-Mukhtar ben Abi Ubayd avait réussi à prendre le pouvoir dans tout l’Irak.
En 688, il part vers l’Irak laissant à Amr ben Saïd le gouvernement de Damas. Amr avait reçu de Marwân la promesse qu’il serait son successeur. Mais Marwân en nommant Abd al-Malik avait violé cette promesse. Amr profita du départ d’Abd al-Malik et se fit proclamer calife. Mais celui-ci revint sur ses pas et fit le siège de Damas, Amr dut traiter car les troupes se rangeaient du côté d’Abd al-Malik. Amr fut décapité peu après.
En 689, l’empereur byzantin Justinien II attaqua la Syrie. Il fit des propositions de paix acceptant de payer à l’empereur 5000 dinars d’or chaque mois.
En 690, il avait suffisamment assuré son pouvoir à Damas en ayant fait mourir tous ceux qui lui étaient hostiles, pour entreprendre la reconquête de l’Irak. Il prit Koufa puis Bassora et une partie du Fars [4] avant de revenir à Damas. Cependant le Hedjaz [5], l’Égypte et le Yémen restaient au pouvoir d’Abd Allah ben Zubayr.
Il prit le Khorasan [6] et nomma Al-Hajjaj ben Yusef à la tête d’une armée pour affronter Abd Allah ben Zubayr. La Mecque fut assiégée pendant 8 mois. Au cours de ce siège, la Kaaba [7] fut endommagée par les jets de pierres envoyés par les balistes de l’armée Syrienne. Abd Allah ben Zubayr fut pris et décapité.
Il nomma Al-Hajjaj gouverneur de l’Irak en 697, et lui laissa toute liberté dans ses territoires. Cela lui permit d’agir en Ifriqiya [8]. La reine Dihya dite la Kahina fut vaincue en 702 près d’un puits nommé désormais Bîr al-Kahina près de Tabarka [9].
Abd al-Malik réussi à augmenter la taille de l’empire. Le contrôle de l’Afrique du nord fut confirmé et la construction de la ville de Tunis commença. Les dernières années de son règne furent plutôt paisibles.
Parmi ses réformes, il y a l’arabisation du gouvernement dans tout l’empire et l’organisation d’un système postal. Il fit une réforme monétaire faisant disparaître les monnaies anciennes grecques et sassanide et romaines. Il fit réparer la Kaaba et initia la coutume de couvrir la Kaaba d’un drap de soie tissé à Damas. Il fit aussi construire le Dôme du Rocher à Jérusalem en 692.