Fils du duc de Ferrare [1] Alphonse 1er d’Este et de sa maitresse Laura Dianti .
En 1523, Alphonse reçoit de son père Montecchio [2] qu’il rend par testament fief privilégié pour les cadets de sa maison. En 1569, l’empereurMaximilien II élève Montecchio au marquisat.
En 1532, Alphonse est légitimé par le cardinal Innocent Cybo et l’année suivante par son père.
Il épouse en premières noces le 3 janvier 1549 Giuliana della Rovere, fille du duc d’Urbino [3] François Marie 1er della Rovere et d’Eleonora de Gonzague.
En 1584, il épouse Violante Signa