Fille de Guillaume 1er duc de Mantoue et de Eleonore d’Autriche, sœur de Vincent 1er duc de Mantoue et de Anne-Catherine de Mantoue . Margherita est né et a grandi à la cour de son père à Mantoue [1].
Elle était l’épouse d’Alphonse II d’Este et de Modène qu’elle épousa en Février 1579. C’était le troisième mariage du duc, et on espérait qu’elle pourrait donner un héritier mâle.