Né à Ferrare [1], Fils d’Hercule II d’Este et de Renée de France, peu après être monté sur le trône, à la demande du pape Pie IV, il renvoie sa mère en France car elle est calviniste.
Sous son règne, la cour de Ferrare atteint tout son faste et sa magnificence, accueillant des poètes comme Le Tasso et des artistes aux détriments des finances.
Il cherche à augmenter le prestige de l’état au travers de ses trois mariages et en s’alliant à l’empereur Maximilien II au cours de la guerre contre les Turcs en Hongrie en 1566.
N’ayant pas d’héritier direct, il désigne comme successeur son cousin César , fils de Alphonse , frère de son père Hercule II, et l’acte est reconnu par l’Empereur mais pas par l’Église parce que son oncle Alphonse était le fils naturel du précédent duc Alphonse 1er et de Laura Dianti.
À sa mort, le pape Clément VIII se rapproprie Ferrare, fief pontifical, profitant de la faiblesse de César d’Este.
Alphonse II est enterré à Ferrare au monastère du Corpus Domini [2].