Né à Paris, il devint jésuite à seize ans, en 1628, et professa d’abord la rhétorique, puis, à partir de 1643, la philosophie au Collège de Clermont [1], et ensuite, à partir de 1653, la théologie à Bourges.
Il mourut à Bologne en se rendant à Rome pour les affaires de la Compagnie.
Jean Garnier fut considéré comme l’un des plus savants jésuites de son temps, et comme un spécialiste de théologie morale, expert en casuistique [2].