Né à Ferrare [1], fils de Hercule II d’Este, duc de Modène, de Ferrare et de Reggio, et de la princesse Renée de France, duchesse de Chartres et de Montargis
Luigi d’Este appartient à une illustre famille princière d’Italie. Cette famille fait remonter son origine au commencement du 11ème siècle. La famille d’Este s’implanta à Modène après avoir été chassée de Ferrare.
Il succède à son oncle Hippolyte, en 1562, comme abbé commendataire du monastère de Pontigny. En 1567, il est consacré cardinal au titre cardinalice “Santi Nereo e Achilleo”.
Son oncle, le cardinal Hippolyte d’Este lui lègue à sa mort en 1572 la villa d’Este de Tivoli qu’il maintiendra et ouvrira à de nombreux invités prestigieux.