Né à Palerme, il voyage en Sicile, en Corse, à Paris et à Londres avant de devenir professeur à Padoue. Il fait paraître ses Recherches et Observations naturelles à Paris en 1671, dans lesquelles il expose diverses théories, notamment en médecine et en toxicologie. Il devient le botaniste de la cour du grand-duc de Toscane Ferdinand II, puis de son fils Cosme III. En 1682, il entre dans l’Ordre cistercien et prend le nom de Silvio.
Dans son Museo di piante rare della Sicilia, Malta, Corsica, Italia, Piemonte, e Germania, il décrit de nombreuses plantes de Sicile, Malte, Italie, Piémont et d’Allemagne.
Renommé dans la communauté scientifique européenne, il est en contact avec de nombreux naturalistes.
Le Français Charles Plumier étudie auprès de lui à Rome.
Carl von Linné lui dédie le genre Bocconia de la famille des Papaveraceae.