Moine de la congrégation bénédictine réformée de Saint-Maur, principalement connu comme étant le fondateur de la diplomatique. Né à Saint Pierremont, dans les Ardennes Il était le 5ème enfant d’Estienne Mabillon, un paysan et de Jeanne Guérin, laquelle descendait par sa mère d’une branche des seigneurs de Saint Pierremont. Enfant précoce, il surpassait facilement ses camarades de classe, mais l’agrément de son caractère lui valait l’estime de tous. Après avoir reçu les premiers rudiments d’instruction par le clerc magister de la paroisse, maître Gerson Rousselin, à l’âge de neuf ans on l’envoya chez son oncle, Jean Mabillon, alors prêtre de paroisse à Neufville, qui lui enseigna de façon correcte les rudiments et lui donna l’argent nécessaire pour lui permettre de continuer ses études. Grâce à ce dernier, il entra en 1644 au Collège des Bons Enfants à Reims puis étudia à l’université, vivant moitié comme élève, moitié comme domestique, dans la maison de Clément Boucher, chanoine de la cathédrale et abbé commendataire. En 1650, Clément Boucher le fit entrer au séminaire diocésain, où il resta 3 ans, mais en 1653, pourtant, la conduite scandaleuse et la mort de l’oncle qui l’avait aidé le dégoûtèrent de la vocation de prêtre séculier et il quitta le séminaire, pour rejoindre la Congrégation de Saint-Maur, à l’abbaye de Saint Remi de Reims.
De santé fragile, il doit renoncer à l’éducation des novices qui lui avait été confiée. À partir de 1656, il s’adonne pleinement à l’étude des Antiquités, c’est-à-dire des documents anciens, à Nogent, puis à Corbie, où il est successivement envoyé. Il élabore alors progressivement les règles d’une méthode servant à discerner les faux. Ce faisant, il fonde les principes de la critique de documents.
Après un séjour comme trésorier à l’abbaye de Saint-Denis en 1653, rapidement remarqué par les membres de son ordre en raison de ses capacités, il est envoyé à Saint-Germain-des-Prés, en 1664 comme aide bibliothécaire.
Il y rejoint un cercle d’érudits formés autour du bibliothécaire de l’abbaye, Jean-Luc d’Achery, auquel il est appelé à succéder. Il commence alors à assister ce dernier dans la collecte de documents en vue de la rédaction des Actes de l’Ordre de Saint-Benoît. Ses efforts colossaux font que l’œuvre issue de ce projet, dont le premier volume paraît en 1703, lui est attribuée. En 1681, il publie un traité De re diplomatica, qu’il rédige en réponse à la mise en question de l’authenticité de certaines chartes de l’abbaye de Saint-Denis par un jésuite, le hollandais Daniel van Papenbroeck. À l’instar de son détracteur, il y propose des outils permettant d’authentifier un document et de le dater, mais il les développe et les met si bien en pratique que son point de vue triomphe. Outre l’admiration générale des érudits du royaume, le retentissement de cette œuvre vaut à Jean Mabillon d’apparaître comme le fondateur de la science diplomatique. Cet ouvrage eut un tel retentissement que Louis XIV se fit présenter son auteur. Devenu le protégé de Colbert il effectue pour ce dernier, deux voyages, en Bourgogne en 1682, puis en Suisse et en Allemagne en 1683 afin de collecter et d’authentifier des documents sur l’histoire de la couronne, puis sur celle de l’Église en France. Le successeur du ministre, l’archevêque de Reims, est également un grand admirateur de Mabillon et fait en sorte que le roi lui confie, en 1685, la tâche de visiter les principales bibliothèques d’Italie afin d’acquérir des livres et des manuscrits pour la Bibliothèque royale. Il accomplira cette mission avec l’aide et la compagnie de son confident et collaborateur Dom Claude Estiennot de la Serrée, procureur de la Congrégation de Saint-Maur près le Saint-Siège, avec lequel il entretint une correspondance riche et assidue.
Sa passion sans concession pour la critique historique, sa connaissance de la tradition monastique, plus que les faveurs des grands, lui valent des ennemis. Il entre notamment en controverse avec l’abbé de La Trappe, Rancé, sur la place que doivent tenir les études par rapport au travail manuel dans la vie monastique. Il répond à ce dernier par un Traité des études monastiques en 1691. En 1698, il proteste en vain sous le pseudonyme d’Eusebius Romanus contre la vénération des reliques des saints anonymes dans les catacombes de Rome, ce qui lui vaut d’être convoqué pour s’expliquer et d’avoir à modifier certains passages.
Finalement, en dépit des attaques qu’il subit principalement en raison de son criticisme, la réputation de Mabillon ressort intacte et, en 1701, il est nommé membre de l’Académie royale des Inscriptions et Médailles par le roi.
Il meurt en 1707 à Saint-Germain-des-Prés.
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