Il était le fils de Tughlugh Timur. En 1363 Timur Tughlugh, qui après avoir exécuté plusieurs de ses chefs locaux, le nomma à leur place. La cruauté avec laquelle Tughlugh Timur et Ilyas Khoja régnèrent sur la région amena Amir Husayn du Qara’unas et Amir Timur du Barlas à une opposition conflictuelle.
Ensemble ils firent face à une armée de Tughlugh Timur et de Ilyas Khoja aidés par des alliés locaux et les ont défaites. Peu après, Tughlugh Timur décède et Ilyas Khoja devint Khan du Moghulistan.
En 1365 il retourna à Transoxiana. En mai il défit Amir Husayn et Timur, mais, arrivé devant les portes de Samarkand il mit le siège. Celui-ci fut désastreux.
Une peste parmi les chevaux le priva de leur puissance, et il fut forcé de quitter Transoxiana.
Il décède en 1368
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