Noble d’origine gothique, iranienne ou arménienne. En 697, il est drongaire [1] des Cibyrrhéotes [2] et accompagne Jean le Patrice dans une expédition navale contre l’Afrique. Après la mort de ce dernier, il dépose l’empereur Léonce II, qui lui-même avait renversé le basileus Justinien II Rhinotmède en 695.
Il fait subir à Léonce le même supplice que ce dernier avait utilisé envers son prédécesseur, à savoir l’ablation du nez, cette amputation écartant du trône en théorie un éventuel prétendant ou empereur déchu. Mais Justinien, déporté en Crimée sous le règne de Léonce II, parvient à s’échapper et obtient l’aide des Bulgares qui le rétablisse sur le trône en 705
Sous son règne la percée musulmane en Afrique se poursuit sans qu’il parvienne à la juguler. Il remporte cependant quelques succès en Syrie du nord en 700 et parvient à reprendre une partie de l’Arménie.Il est l’une des premières victimes de la cruelle répression qui s’abat alors sur Constantinople. Justinien II épargne toutefois son fils, Théodose, qui devient évêque d’Éphèse et joue un rôle important au concile de Hiéreia [3].