Fils du comte Baudouin IV de Hainaut et d’Alix de Namur. Il épouse en 1169 au Quesnoy la fille du puissant comte de Flandre Thierry d’Alsace, Marguerite 1ère de Flandre. Le mariage permet de régler le contentieux qui existait à propos de Douai. La ville est gardée à la Flandre en échange d’une partie de la dot.
Il s’efforça de mater avec fermeté les querelles de ses barons. Il se rapproche de son beau-frère Philippe d’Alsace par un traité d’alliance en 1177 qui le désigne comme héritier putatif de la Flandre. Philippe l’incite à donner sa fille Isabelle en mariage au roi de France Philippe II, dotée somptueusement de l’Artois en 1180.
Le conflit qui éclate peu après entre le roi et le comte de Flandre met Baudouin dans une situation rapidement inconfortable. D’abord fidèle à l’alliance flamande, il se voit obligé de lutter contre le duc de Brabant Henri le Guerroyeur, allié du roi, puis doit préserver les intérêts de sa fille au bord de la répudiation. Le comte de Flandre refuse finalement de le soutenir contre Henri.
C’est la rupture. D’autant que, subtilement, le roi l’a désigné à son insu exécuteur de la trêve qu’il a signée à Compiègne en 1185 avec le comte de Flandre, provoquant la fureur de celui-ci. La paix est finalement conclue en 1186 après une invasion du Hainaut, Philippe d’Alsace craignant désormais être à son tour pris en étau.
Il avait été également désigné successeur du comté de Namur par son titulaire, Henri l’Aveugle, sans postérité. L’accord avait été entériné formellement par l’empereur Frédéric Barberousse en 1184 à Mayence. Le comte reçoit même en 1187 la titulature du comté érigé en marquisat. Or, en 1186 naît une fille à Henri l’Aveugle. Le comte de Namur dénonce alors l’accord précédent pour faire de sa fille Ermesinde son héritière. S’ensuit une guerre que remporte Baudouin lors de la bataille de Noville-sur-Mehaigne le 1er août 1194, où, malgré une forte infériorité numérique, ses troupes écrasent celles des comtes de Namur, Hollande, Juliers et Dagsbourg, des ducs de Brabant et de Limbourg. Henri garde le marquisat en viager, mais l’héritage passe à sa mort en 1196 à Baudouin.
Entre temps, il était devenu comte de Flandre à la mort de Philippe d’Alsace en 1191. Succession délicate parce que la veuve de Philippe, Mathilde de Portugal, déjà pourvue d’un douaire important, s’agite pour l’agrandir davantage, et que l’opération s’est déroulée en l’absence du roi de France alors en Orient. Finalement Mathilde est déboutée de ses prétentions et Philippe Auguste accepte l’hommage du nouveau comte de Flandre, prenant au passage un relief féodal de 5000 marcs d’argent.
Le 15 novembre 1194 meurt Marguerite d’Alsace et le comté de Flandre amputé désormais de l’Artois passe à leur fils Baudouin IX de Flandre. Baudouin détache le marquisat de Namur pour un fils puîné, Philippe le Noble, le Namurois restant dorénavant fief lige du Hainaut. Il meurt le 18 décembre 1195 à Mons.
Il est enterré dans l’église Sainte-Waudru.