Successeur de Léon IX, il fut élu au Saint-Siège en tant que candidat désigné par l’empereur du Saint Empire romain germanique, Henri III, à qui il était apparenté. Originaire de Souabe [1], il était le fils du comte Hartwig. Sous le nom de Gebhard, évêque d’Eichstätt [2], il acquit une réputation d’excellent administrateur.
Henri III le nomma sur la suggestion d’une délégation romaine dont Hildebrand faisait partie. Bien qu’élu pape en septembre 1054, il n’entra pas en fonction avant le mois de mars suivant. Il se rendit alors à Rome, où il fut intronisé le jour de Pâques
Dès le début de son pontificat, il se montra évidemment un partisan dévoué de la politique impériale. Il se trouvait à Rome depuis la fin de 1055, quand, dès l’automne 1056, il retourna en Allemagne pour demander la protection de l’empereur contre les Normands, qu’il présenta comme de « nouveaux Sarrasins ». Il parvint à réconcilier Henri III avec Godefroid, duc de Lorraine. Après avoir présidé aux obsèques impériales le 28 octobre, il fut, le 5 novembre suivant, le principal artisan de l’élection du jeune fils d’Henri III comme empereur, sous le nom de Henri IV, et mit en place la régence d’Agnès, veuve de l’empereur. L’importance du rôle qu’il continua à tenir dans d’autres affaires politiques de la région, a pu faire dire de Victor II qu’il fut davantage chancelier du Saint Empire romain germanique que chef de l’Église catholique romaine.
Il revint à Rome le 30 mars 1057, et au mois d’avril, il présida un synode au Latran, essentiellement consacré à des problèmes administratifs. Il demanda aux moines du Mont Cassin de remplacer l’abbé qu’ils avaient élu par Frédéric, frère du duc de Lorraine et futur pape.
Il fut par ailleurs le protecteur de Jean Gualbert, fondateur d’une nouvelle congrégation de moines bénédictins à Vallombreuse [3] en Toscane.
Il mourut soudainement, à Arezzo [4] le 28 juillet 1057. Les habitants d’Eichstätt voulurent faire revenir son corps en Allemagne. Les Italiens refusèrent, et il fut inhumé aux portes de Ravenne [5], dans le mausolée du roi Théodoric [6], transformé en église abbatiale.