Issu d’une famille germanique, il fut envoyé auprès de son oncle Didon, évêque de Poitiers vers 626-629 et entra à l’école épiscopale, où il reçut une solide formation canonique, avant d’être ordonné diacre puis archidiacre, c’est à dire responsable de tout le clergé de l’église cathédrale.
Son oncle le nomma ensuite abbé de Saint Maixent [1], fonction que Léger assuma pendant 6 ans, avant de rejoindre la reine Bathilde, dont il devint conseiller. Nommé évêque d´Autun en 659, il s´attacha à réformer la discipline ecclésiale et donna à toutes les abbayes de son diocèse l´ordre de suivre la règle de Saint Benoît. Il fit preuve de grandes qualités d’administrateur, tout en défendant l’autonomie de la Bourgogne.
À la mort de Clotaire III, Ébroïn, le maire du palais, décida de donner la couronne de Neustrie [2] à Thierry III, le frère de Clotaire III, sans consulter les aristocrates burgondes. Ceux-ci, mécontents, se révoltèrent sous la conduite de Léger et firent appel à Childéric II, roi d’Austrasie [3]. Thierry fut confié aux moines de Saint-Denis, Ébroïn exilé au monastère de Luxeuil [4]. Le parti burgonde l’ayant emporté, saint Léger devint un temps conseiller du roi Childéric II, avant de tomber à son tour en disgrâce et d’être envoyé au monastère de Luxeuil, où il retrouva son éternel adversaire, Ébroïn.
À la mort de Childéric en 675, l’évêque d’Autun et l’ancien maire du palais quittèrent Luxeuil et rejoignirent leurs partisans. Léger fit sortir Thierry III de Saint-Denis et lui donna la couronne de Neustrie. Ébroïn, soutenu par les Austrasiens, s’empara du trésor royal et assiégea Autun. Voyant que la ville allait tomber aux mains de l’ennemi, Léger se rendit. Ébroïn lui fit crever les yeux, arracher les lèvres et la langue, avant de l’exposer sur la place publique. Léger se retira ensuite à l’abbaye de Fécamp d’où Ébroïn le fit sortir pour le juger à nouveau. Accusé du meurtre de Childéric II, Léger fut livré au comte Chrodobert qui le fit décapiter dans la forêt de Sarcing, près d’Arras. Au lendemain de sa mort, il fut considéré comme un martyr.