Fille aînée du duc Guillaume de Clèves et de son épouse Marie d’Autriche . La transmission du duché de Clèves [1] est sa grande préoccupation. Il échoit à une de ses filles et, par son entremise, à la maison de Hohenzollern [2].
Elle épouse en 1573 le duc de Prusse [3] Albert-Frédéric. 7 enfants naissent de leur union entre 1576 et 1586, mais les garçons meurent tous en bas âge.
En 1591-1592, Marie-Éléonore se rend avec 2 de ses filles à Juliers [4] pour enregistrer leurs revendications sur l’héritage de Clèves. En effet, son frère, le duc Jean-Guillaume , n’a pas d’enfants. Même après son deuxième mariage, en 1599, il reste sans héritiers. Marie-Éléonore s’emploie également à trouver pour ses filles des alliances intéressantes, qui se concrétisent de 1594 à 1607 avec la maison de Hohenzollern et la maison de Saxe-Wettin [5].
En 1609, à la mort de son frère, c’est bien la fille aînée de Marie-Éléonore, Anne de Prusse , qui hérite du duché de Clèves. Elle est mariée depuis 1594 à l’électeur de Brandebourg Jean III Sigismond de Brandebourg . Le duché de Clèves est ainsi rattaché à la principauté de Brandebourg-Prusse qui devient en 1701 le royaume de Prusse.
La politique d’alliances matrimoniales voulue par Marie-Éléonore et par les Hohenzollern joue un rôle déterminant dans la constitution d’un nouveau territoire, le futur état prussien, qui va se détacher du Saint Empire romain germanique et modifier progressivement les équilibres européens.
Son mari Albert-Frédéric meurt le 27 juin 1618, atteint d’une aliénation mentale, et sans héritier masculin lui non plus.