Il succéda au pape Sylvestre II. Avant d’entrer dans les ordres, puis d’être porté à la tête de l’Église par Jean Crescentius qui dirigeait Rome en opposition à l’empereur Otton III, Siccone Sicconi fut marié et les trois fils qu’il eut devinrent évêques.
Le précédent pape légitime portant le nom de Jean est le pape Jean XV, Jean XVI étant considéré comme un antipape. Le numéro de règne aurait donc dû être réutilisé, mais ne le fut pas.