Fille de Maximilien II, empereur germanique, et de Marie d’Espagne, infante d’Espagne et archiduchesse d’Autriche. Fiancée en 1568 à Charles d’Autriche dit Don Carlos, prince des Asturies.
Mariée en 1570 avec le père de ce dernier, son propre oncle, le roi d’Espagne Philippe II d’Espagne.