Il est né à Wald, près de Mindelheim dans le Sud-Ouest de l’Allemagne. Il s’occupa du collège Jésuite à Augsbourg et continua ses études à l’université Jésuite à Landsberg. Après avoir achevé son étude préparatoire, il entra à l’université d’Ingolstadt en 1600 ou il étudia la métaphysique et se consacra à l’étude des mathématiques. En 1610 il rejoignit la faculté Jésuite comme professeur de mathématiques et d’hébreu.
Il devint un expert en mathématiques et inventa un pantographe, un dispositif pour copier et agrandir des schémas. En entendant parler des découvertes de Galilée faites avec le télescope, en 1610, Scheiner s’est immédiatement mis à la recherche de bons télescopes pour observer les cieux. Il tourna son attention sur le soleil, où, en mars ou avril 1611, il découvrit des taches solaires.
En 1616, il s’installa avec la cour à Ingolstadt et devint le conseiller du Duc Maximilien, frère de l’empereur Rodolphe II. En 1621 il devint le confesseur de duc Karl, frère du nouvel empereur, Ferdinand II. Lors de la mort de ce dernier en 1624, il alla à Rome, où il resta durant 8 ans et édita son plus gros travail, “Rosa Ursina” en 1630.
En 1633 il retourna en Allemagne où il passa le reste de sa vie à Vienne et à Neisse, dirigeant l’université Jésuite.
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