Né à Fontainebleau, il est le 4ème enfant de Henri II et de Catherine de Médicis. Prénommé en premier lieu Alexandre Édouard, il prend le prénom de son père en 1564. C’est le fils préféré de Catherine de Médicis. Il grandit à Amboise, avec Jacques Amyot et François de Carnavalet pour précepteurs.
En novembre 1567, il est nommé lieutenant général du royaume par son frère Charles IX et remplace Anne de Montmorency. Il bat notamment les protestants à Jarnac en 1569 et la même année, il est nommé intendant général du roi, emploi nouvellement crée pour lui. Il n’y fera que contresigner des ordres principalement inspirés par Catherine de Médicis.
Il devait se marier avec Elisabeth d’Angleterre. Cependant, non désireux d’épouser une non catholique, il annule en 1571 ce projet. Il est d’autant plus encré dans cette décision qu’elle refuse d’entendre parler de catholicisme dans son royaume d’Angleterre.
Pendant les massacres de la Saint Barthélemy, en 1572, il est aux côtés de sa mère, Catherine de Médicis, et de son frère, le roi Charles IX. Il fait nommé comme protecteur de la maison de l’amiral Coligny Caussens, ennemi juré de Coligny et qui participe à son exécution dans la nuit du 24 au 25 août. Plus tard, candidat au trône de Pologne, il tente de se disculper en niant sa participation à la décision de commettre ce massacre.
Pendant les 6 premiers mois de l’année 1573, alors que la France connaît une 4ème guerre de religion, Henri d’Anjou commande l’armée au siège de La Rochelle. Le 19 juin, il apprend son élection au trône de Pologne. Pour ne pas se mettre à dos certains de ses futurs sujets, il lève le siège le 6 juillet.
En effet, Sigismond Auguste, roi de Pologne décède le 7 juillet 1572. Le 22 août une ambassade composée de grands seigneurs polonais vient lui remettre solennellement le traité d’élection au trône de Pologne. Dans un même temps le roi Charles IX qui est son frère aîné lui signifie qu’il sera son héritier au trône de France. Il n’a pas très envie de quitter les siens et plus particulièrement Marie de Clèves princesse de Condé sa favorite. Il n’a plus le choix, il doit partir. Il s’attarde jusqu’au 2 décembre en Lorraine et parvient à Cracovie en février 1574. Il est reçu avec tous les honneurs dus à son rang. Les fastueuses cérémonies du couronnement passées, Henri s’ennuie.
Il est vrai qu’il n’a pas grand chose à faire, il doit partager le pouvoir avec la noblesse qui exerce quasiment seule l’exécutif et le législatif. Celui-ci sera de courte durée et sans éclat particulier car apprenant la mort de son frère le 14 juin, il décide de s’enfuir dans la nuit du 18 juin, plus attiré par le destin de la France que celui de la Pologne. Il quitte précipitamment le château de Wawel. Il est reçu avec honneur à Venise. Il gagne les Alpes en traversant Ferrare, Mantoue et Milan. Le 2 septembre 1574 il fait une entrée triomphale à Chambéry. Quittant la Savoie il retrouve son frère François d’Alençon et Henri de Navarre venus l’accueillir à la frontière française. Le 6 il entre dans Lyon en compagnie de sa mère Catherine de Médicis.
Il retrouve un pays français très endetté, entraînant un appauvrissement des sujets déjà les plus modestes. La difficulté de s’accorder sur un pouvoir solide depuis la mort de Henri II provoque l’indiscipline de la noblesse, catholique ou protestante. Le 10 septembre 1574, Henri III, dans une déclaration, demande "le retour de ses sujets dans son obéissance".
Le roi de France va très vite oublier son règne polonais qui ne dura que 146 jours. Il est sacré roi à Reims le 13 février 1575. 2 jours plus tard, il se marie avec Louise de Vaudémont, nièce de Charles III de Lorraine. De retour de Pologne, il pensait épouser Marie de Clèves, mais cette dernière meurt en couches. Ayant connu Louise de Vaudémont lors de son périple en Lorraine, il l’épouse, surtout pour assurer sa descendance. Mais en France l’attend une grave crise religieuse et un soulèvement de la noblesse. Le roi continue de tenir compte des avis de sa mère. Il écoute aussi ceux des chanceliers que sont Cheverny, Matignon et Nevers. Les services de ses secrétaires d’État que sont Villeroi, Brûlart, Pinart, Fises de Sauve, sont efficaces, mais on reproche au roi de s’entourer de jeunes hommes beaux, ses “ mignons ”, comme Épernon et Joyeuse.
Le paysage politique de la France de Henri III se découpe en trois pôles.
Ceux qui sont surnommés "les politiques", issus surtout des milieux bourgeois où s’est répandu le mouvement humaniste, soutiennent la thèse d’un pouvoir centralisé et puissant. Ces thèses déboucheront sur l’absolutisme qui trouvera sa voix avec la dynastie des Bourbons. Le deuxième pôle est représenté par la grande noblesse qui était opposée à cet absolutisme et qui défendait la thèse du pouvoir partagé entre le roi, la noblesse et les États Généraux. Ses partisans sont surnommés les "malcontents". Parmi eux il y a Henri de Condé, Henri de Montmorency et Henri de Navarre.
Enfin sont représentés ceux qui, reprenant d’anciennes thèses, reconnaissent la prééminence des états généraux. Ces derniers ont le droit de destituer un roi n’assurant plus correctement sa fonction. Au décès de son frère Charles IX, Catherine de Médicis remplace Montmorency par le marquis de Villard comme gouverneur du Languedoc.
Ce dernier est un catholique sans concession. Henri III approuvant cette décision, Montmorency organise une rébellion, aidé des réformés et des catholiques plus modérés. Catherine de Médicis tente de négocier avec ces révoltés.
Henri III, entré dans une période de repenti, faisant pénitence à Avignon fin 1574, reconnaît ses fautes lors des massacres de la Saint Barthélemy dans l’édit de Beaulieu le 6 mai 1576. Il y réhabilite les victimes. Cependant c’est à la demande de sa mère qu’il a signé cet édit. Aussi, le trouvant trop favorable aux réformés, il réunit les états généraux, pensant qu’ils annuleront l’édit de Beaulieu. De leur part, opposés à cet édit, les catholiques forment une première ligue avec à sa tête Henri III pour en diminuer les implications politiques.
Ces états généraux se déroulent du 6 décembre 1576 au 5 mars 1577, dans la ville de Blois. Ceux qui s’y sont rendus sont surtout des catholiques mécontents de l’édit. Les états généraux souhaitent partager la souveraineté avec le roi, limitant ainsi son pouvoir, mais ce dernier refusa.
De plus il n’y a eu aucune solution de trouvée pour résoudre la crise financière du royaume.
Face à ces états généraux principalement catholiques, les protestants reprennent les offensives dans une 6ème guerre de religion en décembre 1576. N’ayant pas les moyens financiers de lutter, Henri III recherche la paix, dite de Bergerac et signe l’édit de Poitiers le 17 septembre 1577. Ce dernier interdit toute constitution de ligue, de quelque côté que ce soit. Il tente de résorber le déficit financier. De 1576 à 1588, la taille, impôt principal passe de 7 à 18 millions de livres. Instaurant des économies, l’équilibre du budget royal est réalisé en 1585. Mais les dettes du roi s’élèvent à 133 millions de livres en 1588.
Il entreprend des réformes dans divers domaines. Il crée l’ordre de chevalerie du Saint-Esprit. Il crée des ordres religieux dont l’Oratoire de Notre Dame de Vie Saine en 1583. Il fait établir le code Henri III pour uniformiser les coutumes dans le domaine juridique du pays. Il transforme le Conseil du roi en Conseil d’État. Il modifie l’étiquette de la Cour, s’attirant parfois le désaccord de la grande noblesse. En 1582, le calendrier julien est remplacé par le calendrier grégorien. Il crée l’académie du Palais, avec Ronsard et Du Baïf, héritant de son précepteur Jacques Amyot du goût des lettres. La vie privée d’Henri III suscite parfois l’hostilité. En effet, son goût raffiné, aimant les bijoux, les parfums, les vêtements peux conventionnels, ne donnent pas l’image habituelle d’un souverain. Il lui arrive même de se travestir lors de cérémonies officielles.
Par le traité de Joinville du 31 décembre 1584, les Guises affirment publiquement leur hostilité à Henri de Navarre comme successeur de Henri III, demandant l’élimination de la religion protestante. Par le traité de Nemours le 7 juillet 1585, Henri III donne 6 mois aux protestants pour quitter le royaume ou pour se convertir. Par cet édit, il espère que Henri de Navarre se convertira pour pouvoir lui succéder. Mais une bulle du pape exclut les princes de Navarre et de Condé de l’accès au trône de France.
Des opérations militaires, entre protestants et catholiques reprirent, l’exécution de Marie Stuart par la reine d’Angleterre servant de prétexte à la 8ème guerre de religion. Les Guises souhaitent aider les espagnols catholiques à vaincre les anglais, et par là même le protestantisme. Il s’attire la haine de Henri III. Et lorsque Henri de Guise entre dans Paris le 9 mai 1588 malgré l’interdiction qui lui en était faite, Henri III fait pénétrer ses troupes dans la capitale.
Les ligueurs, autour des Guises, dressent des barricades et Henri III préfère retirer ses troupes pour répondre favorablement aux parisiens. Il quitte Paris le 13 dans l’après-midi pour rejoindre Chartres le 14 mai. Il signe alors l’édit proposé par le duc de Guise.
Henri III fait appel aux États Généraux qui se tiennent à Blois du 16 octobre 1588 au 16 janvier 1589. Ceux-ci sont constitué majoritairement de ligueurs qui réclament du sang huguenot, excités par le duc de Guise.
Il décide alors de supprimer Henri de Guise qui souhaite manifestement le détruire. Réunissant son conseil le 23 décembre au petit matin. Il souhaite voir le duc de Guise en entretien privé. Là, ce dernier sera assassiné. Les hommes du roi, appelés les Quarante-cinq, fidèles à leur maître, assassineront Louis de Guise, cardinal, le lendemain, ainsi que les principaux leaders ultra catholiques.
Henri III tente de justifier ces actes, prétextant des dangers que les Guises représentaient pour la couronne. Cependant le pape Sixte Quint n’accepte pas le crime de Louis de Guise et excommunie Henri III le 5 mai 1589. Mais, la ligue ne disparaît pas pour autant, le jeune frère cadet des Guises en reprenant la tête. Paris gronde. Plusieurs villes favorables à la ligue se montent contre Henri III. Ce dernier, regagne Tours pour demander l’aide de Henri de Navarre. Il signe le traité de Plessis les Tours le 3 avril 1589 par lequel le roi et les protestants s’unifiaient un temps pour lutter contre la ligue. C’est avec Henri de Navarre qu’il va reconquérir son royaume. Leurs armées sont aux portes de Paris qui est tenu par les ultras catholiques, s’établissant à Saint Cloud.
Le 1er août, Henri III rencontre un dominicain, Jacques Clément, qui doit lui apporter des nouvelles secrètes. Ce dernier le frappe de coups de couteau. Jacques Clément est tué par la garde du roi. Henri de Navarre se rend au chevet du roi. Il demande de reconnaître Henri de Navarre comme son successeur.
Henri III meurt dans la nuit du 2 août 1589 à St Clou et avec lui la dynastie des Valois qui a régné 261 ans. Henri de Navarre se convertira au catholicisme et mettra un terme aux guerres de religion.