Il fut un des premiers philosophes juifs de la période moderne. Né à Amsterdam, fils d’un négociant juif d’Amsterdam. Son père et grand-père étaient à l’origine les crypto Juifs espagnols, c’est-à-dire, les juifs qui ont été forcés d’adopter le christianisme en Espagne, mais secrètement resté juifs et ayant fui l’Inquisition et le climat d’intolérance envers les convertis. Ils sont bien tolérés et insérés dans la société néerlandaise. S’ils parlent néerlandais avec leurs concitoyens non juifs, ils usent du portugais comme langue vernaculaire et de l’espagnol comme vecteur culturel. Pour Spinoza, c’est le latin qui sera la langue de l’expression écrite.
Il fréquente le Talmud Torah, école juive élémentaire, de sa communauté, acquérant ainsi une bonne maîtrise de l’hébreu et de la culture rabbinique. Sous la conduite de Rabbi Mortera, il approfondit sa connaissance de la Loi écrite et accède aux commentaires médiévaux de la Torah ainsi qu’à la philosophie juive. À la mort de son père, en 1654, il reprend l’entreprise familiale avec son frère Gabriel.
Ses spéculations théologiques ont fait naître un conflit avec les autorités juives. Il affirma publiquement que les écritures ne maintiennent pas que Dieu n’a aucun corps, que les anges existent, ou que l’âme est immortelle. Il fut excommunié en 1656 et changea alors son nom hébreu en latin et prit le nom de Benedictus de Spinoza. Après son excommunication de la communauté juive, il gagne sa vie en taillant des lentilles optiques pour lunettes et microscopes, domaine dans lequel il acquiert une certaine renommée.
Pendant un certain temps il fut associé à un ancien Jésuite qui dirigea une école pour des enfants. Il y fut employé et pu parfaire sa propre éducation et pour compléter son revenu il enseigna dans l’école.
A la fin des années 20, il dirigea un groupe de discussion sur les questions philosophiques et théologique. Pendant que ses propres idées se développaient, il partit d’Amsterdam pendant 3 années.
Vers 1660-1661, il s’installe à Rijnsburg, centre intellectuel des collégiants, hétérodoxes protestants. C’est là qu’il reçoit la visite d’Henry Oldenburg, secrétaire de la Royal Society, avec lequel il échange une longue et riche correspondance. En 1663, il quitte Rijnsburg pour Voorburg et commence à enseigner à un élève, Casearius, la doctrine de Descartes. De ces cours, il tire Les principes de la philosophie de Descartes, dont la publication donne lieu à une correspondance centrée sur le problème du mal, avec Willem van Blijenberg, un marchand calviniste qui produira ensuite des réfutations de l’Éthique et du Traité théologico-politique.
Espérant éditer l’éthique, et prévoyant la polémique, il écrit et édite anonymement son Tractatus Thologico-Politicus en 1670 qui défend la liberté philosophique face à l’interférence religieuse ou politique. Il suscite de vives polémiques, y compris chez des esprits ouverts, comme Leibniz, ou chez des hommes que Spinoza rencontre occasionnellement en privé, comme l’entourage calviniste de Louis II de Bourbon-Condé. Pour ceux-ci, il convient de distinguer la nouvelle philosophie de la réflexion plus radicale de Spinoza. Quant aux autorités religieuses, elles condamnent unanimement l’ouvrage. En avril 1671, sur requête des synodes provinciaux, la Cour de Hollande juge qu’une ordonnance doit être prise pour interdire la diffusion du Traité et d’autres œuvres jugées blasphématoires, comme le Léviathan de Hobbes. Elle demande également que des poursuites soient engagées contre les auteurs et autres responsables de la publication des ouvrages. Les États de Hollande rechignent néanmoins à suivre la décision de la cour et à interdire des œuvres écrites en latin. Ce n’est qu’en 1674, après la chute de Witt que les livres visés seront interdits par les autorités séculières. Après l’assassinat des frères Witt en 1672, son indignation est telle qu’il souhaite afficher dans la rue un placard contre les assassins, ce dont l’aurait dissuadé son logeur. Cependant, le philosophe, qui a abandonné Voorburg pour La Haye vers 1670, ne quitte pas le pays. Ainsi refuse-t-il en 1673, par souci d’indépendance, l’invitation de l’Electeur palatin qui proposait de l’accueillir à l’Université d’Heidelberg. Il meurt le 21 février 1677 d’une affection pulmonaire.
Sa pensée eut une influence considérable sur ses contemporains et nombre de penseurs postérieurs. Après sa mort, le spinozisme, condamné en tant que doctrine athée, eut une influence durable.