Fils aîné de Henri II et de Catherine de Médicis et frère de Marguerite de Valois, de Charles IX et de Henri III. Sa naissance soulage Catherine de Médicis qui, en 11 ans de mariage, n’avait pas encore donné d’héritier à Henri II. Elle craignait la répudiation. Il est baptisé le 10 février de la même année à la chapelle des Trinitaires du château de Fontainebleau. Ses parrains sont le pape Paul III, François 1er, la seigneurie de Venise et Marguerite d’Angoulême.
François 1er le fait chevalier lors de son baptême et lui donne le gouvernement du Languedoc en 1546. A la mort de son grand-père, François II devient dauphin de France.
François II est un enfant physiquement et psychologiquement fragile. Il connaît notamment des difficultés pour respirer correctement.
A l’âge de 14 ans il devient roi d’Écosse par son mariage avec Mary 1ère Stuart, Reine d’Écosse le 24 avril 1558 et roi d’Angleterre et d’Irlande à la mort de celle-ci en 1558. Après 10 jours d’atroces souffrances, suite à son accident de tournoi, Henri II décède en juillet 1559. François II a 15 ans. II est alors proclamé roi de France. Il sera sacré à Reims le 18 septembre. Compte tenu de son âge, il n’y a pas à prévoir de régence. Le règne de François II marque l’apparition de 2 partis nettement distincts : celui des catholiques par les Guise et celui des nobles réformés qui, outre les Bourbon, comptait également les Coligny Châtillon, autres princes du sang, prétendant à la légitimité de la direction du royaume. Antoine de Bourbon, plus préoccupé par la récupération de la Navarre espagnole, se rapproche de Philippe II d’Espagne, et par le fait des catholiques français.
Cependant François II apparaît incapable de régner seul. Cela pose un problème soulevé par les réformés. C’est à Antoine de Bourbon, roi de Navarre, et à Louis de Condé que devrait revenir de gouverner avec le roi.
Ils sont eux-mêmes réformés. Or, faisant fi de cela, c’est le roi et la famille de Guise qui exerce le pouvoir. Leur politique est plutôt impopulaire.
Cependant ils ne dirigent pas le royaume contre les intérêts du roi. Ainsi le 14 juillet 1559, Charles de Guise réduit le nombre de militaires pour éviter d’arriver à la banqueroute vers laquelle Henri II avait emmené le pays. Les bourbons, alliés aux Huguenots, décident alors d’enlever le roi pour l’éloigner de la mauvaise influence de la famille de Guise. Cependant les auteurs sont arrêtés avant de passer à l’acte. Ils sont exécutés. Nous sommes en mars 1560 et cet événement est nommé la conjuration d’Amboise. Durant les jours qui suivent, il y aura de nombreuses exécutions dans cette ville.
Il meurt peu avant ses 16 ans le 5 décembre 1560 sans avoir eu d’héritier. C’est son frère, Charles IX qui lui succède. Mais il n’a que 10 ans. C’est Catherine de Médicis qui assure la régence. Les Guise perdent leur pouvoir.